CheckCIF-B级警报PLAT934(如何删除衍射点)

DJ_Tokyo

CheckCIF-B级警报PLAT934(如何删除衍射点)

之前，有网友留言如图1所示问题。

▲图1 问题描述

上述B级警报PLAT934（参阅推文“CheckCIF-PLAT934”）是说(Iobs-Icalc)/Sigma(W) > 10的离群衍射点有两个，即8 0 -2和8 0 2，通常用SHELXL[1]指令OMIT（参阅推文“SHELXL指令之OMIT”）将警报列出的衍射点删除即可，对于上述案例，在ins文件中添加如下两条OMIT指令并精修即可：

OMIT 8 0 -2

OMIT 8 0 2

而在Olex2[2]中，可以通过鼠标操作来实现。以Olex2自动数据sucrose[3]为例，在Olex2中Info选项卡下Bad Reflections（**衍射点）列出了“lst”文件中Most Disagreeable Reflections（最不匹配衍射点）列表所列的衍射点，如图2所示，在第一行的输入框中可以输入|Error/esd|的阈值并点击前面的OMIT按钮将所有|Error/esd|大于所设阈值的衍射点用OMIT指令从精修中删除（Olex2自动在ins中添加OMIT指令），或者可以点击衍射点右侧的omit按钮将其删除，也可以在主界面左下角命令行输入“OMIT+阈值”来进行删除，例如输入“OMIT 8”并回车，Olex2会将|Error/esd|大于8的衍射点全部删除。

▲图2 最大不匹配衍射点列表

视频讲解和演示请参阅：

CheckCIF-B级警报PLAT934(如何删除衍射点)：https://www.bilibili.com/video/BV1WJDJYbESq

相关视频：

Olex2基操-OMIT指令的使用：https://www.bilibili.com/video/BV1av411e7f2

Olex2中OMIT指令的使用：https://www.bilibili.com/video/BV1bw411D7Nb

Olex2基操-使用一条指令(delins omit)删除ins文件中所有OMIT指令：https://www.bilibili.com/video/BV1hb4y1W7p3

参考文献

[1]    (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3,Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. CrystalStructure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI:10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.;Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical Scattering Factors for SHELXL – Model, Implementation andApplication. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840.

[2]    Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R.J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2:A Complete Structure Solution, Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst.2009, 42, 339–341. DOI:10.1107/S0021889808042726.

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