投稿时编辑表示CCDC中无法检索到晶体数据

DJ_Tokyo

投稿时编辑表示CCDC中无法检索到晶体数据

上个月，小红书上有红友留言说投稿到Chem. Commun.（Chemical Communications）时，编辑回信说根据提交手稿中提供的CCDC[1]存储号无法在CCDC数据库中检索到相应的晶体数据。

Thank you for your recent submission to  ChemComm, published by the Royal Society of Chemistry. When you submitted  your manuscript you indicated that it reported new small molecule single  crystal data under the deposition numbers XXXXXXX-XXXXXXX. Unfortunately, we  are unable to access these files on the CCDC website. I would be most  grateful if you could please confirm the CCDC deposition numbers for your  manuscript's crystal data, along with the name of the author that deposited  them, so we can locate the relevant cif files.

感谢您最近投稿英国皇家化学学会出版的ChemComm。当您提交手稿时，您表示它报道了新的小分子晶体数据，存储号为XXXXXXX-XXXXXXX（此处隐去具体CCDC号）。很遗憾，我们无法在CCDC网站**问这些文件。如果您能确认您手稿晶体数据的CCDC存储号，以及存储它们的作者姓名，我将不胜感激，这样我们就可以找到相关的CIF[2]文件。

在之前的推文“关于申请CCDC号的一点信息”中笔者介绍过，申请了CCDC存储号的CIF文件，会有一段时期的禁运期（之前是一年，现在是十个月），处于禁运期的CIF文件，只有申请CCDC存储号的账号才能查看这些CIF文件（被共享的账号可能也可以，参阅推文“CCDC基操-共享晶体数据”），其他人即便知晓这些CIF文件的CCDC存储号，也无法在CCDC官网**问这些CIF文件。

所以CIF文件公开的流程是这样：

1、CIF文件随论文手稿一起提交给所投稿的期刊（正常情况下，编辑和审稿人查看的就是作者提交给期刊的CIF文件，而不是舍近求远去CCDC**问，更何况处于禁运期的CIF文件除了申请账号也无法访问——不过从上述编辑回信信息来看，似乎知道存储者的姓名，编辑就可以找到相关CIF）

2、论文在线后，CCDC工作人员审查论文中的晶体数据，确认无误后在CCDC中公开，此时所有人均可访问这些晶体数据（如果CCDC工作人员审查后，认为存在问题，则会给论文作者发邮件，要求修正，修正后再公开，参阅推文“晶体数据CCDC审查意见-电荷平衡”“晶体数据CCDC审查意见-空间群”“晶体数据CCDC审查意见-原子指认有误”“晶体数据CCDC审查意见-电荷平衡案例2”）

3、一些论文，比如国产中文期刊或者某些英文期刊，即便论文在线了，可能CCDC无法访问这些论文还是别的什么原因，这些论文中的晶体数据在CCDC中始终未予公开，所以很多论文中虽然有CCDC存储号，但在CCDC中却无法检索到，对于这种情况，需要申请CCDC存储号的人登陆账号主动添加期刊信息并将其在CCDC中公开，这些晶体数据才能被访问（参阅视频“CCDC-更新已发表结构的期刊信息：https://www.bilibili.com/video/BV1SA41167XW”）

当时，这位小伙伴去到CCDC中将其公开后，编辑表示因为晶体数据已在CCDC中公开，无法在论文中进行发表，所以又得在CCDC中将数据状态改回未发表（参阅推文“将已公开在CSD中的数据改为未公开状态”），如图1所示。

▲图1 情况讨论

无独有偶，最近QQ上也有人遇到类似情况来和笔者讨论，如图2所示。

▲图2 情况讨论

不知道这是否是编辑的统一回信，但看编辑的意思，只要提供晶体数据申请CCDC存储号的存储者姓名，他们就能在CCDC中访问这些晶体数据，那么笔者认为对于这种情况，只需要在回信中告知晶体数据的CCDC存储号以及对应的存储者姓名即可。

相关视频：

投稿时编辑表示CCDC中无法检索到晶体数据：https://www.bilibili.com/video/BV1RoL6z8EZh

参考文献

[1]    (a) Allen, F. H.The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million Crystal Structuresand Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI: 10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[2]    (a) Hall, S. R.;Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): A NewStandard Archive File for Crystallography. ActaCryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。

如需PDF文档，请从以下链接下载：

通过网盘分享的文件：投稿时编辑表示CCDC中无法检索到晶体数据.pdf

链接: https://pan.baidu.com/s/18n6gxJS9NuGTDBaAI3q_DA 提取码: 2b9w