晶体数据审稿意见-保留原始衍射照片的重要性1

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-保留原始衍射照片的重要性1

文献案例：Chem. Commun. 2023, 59, 12330–12333. DOI:10.1039/D3CC04460B.

论文主页：https://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2023/CC/D3CC04460B

有关晶体数据的审稿意见如下：

Referee: 4(Crystallographic review)

Recommendation:Accept: suitable for publication without modification

Comments:

There are 2Structures in this paper. We examined this file: 2236281-2254645

**20220103a** (CCDC2236281)

I would recommendomitting any data above 48° in 2Θ from the refinement -- Rint at that point isalready close to 100%!

**230302a_0m_pl**(CCDC 2254645)

This is a powerfulexample of how much difference extinction and *one* inconsistent reflection(under the beam stop?) can make!

But also, thestructure contains an hklf matrix:

HKLF 4 1 0 1 0 0 01 1 0 0

This should nevermake it through to the final structure -- it is much better to repeat the datareduction step in the correct setting.

I recommendpublication of both structures -- but please feel free to update bothstructures if you think my comments are valid.

Thank you.

有关第一个数据（CCDC2236281）的审稿意见，主要指的是该数据的真实分辨率问题，使用Olex2[1]查看投稿时的数据如图1所示，此时2θ =55.4° (d = 0.76 Å)，查看I/σ(I) vs.Resolution图，可知审稿人觉得2θ在48°以上（本例中为48–55.4°）的数据是噪音，应当从精修中剔除。

▲图1 CCDC 2236281投稿时的数据

有关这个真实分辨率的处理，可采用SHELXL指令中的OMIT指令或SHEL指令将这些噪音从精修中剔除，也可重新进行数据还原，在数据还原阶段对分辨率进行截断（具体可见推文“审稿意见-晶体数据的“真实分辨率””）。本案例中采取重新还原的处理方法，由于该结构在论文中的编号为3a，所以最终处理后将数据的文件名和数据名均改为3a，最终结果如图2所示。

▲图2 CCDC 2236281重新处理结果

第二个数据（CCDC2254645）的审稿意见，第一条说这个数据是一个表明消光（extinction）和不一致衍射点（inconsistentreflection）——即ins中指令“OMIT 1 0 0”从精修中剔除的衍射点“1 0 0”——之间产生巨大差异；第二条是说结构中包含一个hklf矩阵，这表明在结构解析和精修的过程中，使用PLATON[2]进行了空间群转换（一般指升空间群）。投稿时数据如图3所示。

▲图3 CCDC 2254645投稿时的数据

论文作者保留了原始衍射照片文件，所以编者拿到原始衍射照片后，用APEX4[3]按默认设置进行数据还原，发现3轮数据中，前2轮数据还比较正常，如图4–5所示，而第3轮数据则明显不对劲，如图6所示，晶体测试过程中应该是从第3轮的大约第100张衍射照片开始晶体发生了滑动。

▲图4 第1轮数据积分情况

▲图5 第2轮数据积分情况

▲图6 第3轮数据积分情况

于是将数据按下表进行分组重新积分

分组	衍射照片	raw文件
1	230302a_01_0001.sfrm  ······ 230302a_01_0366.sfrm	230302a_01.raw
2	230302a_02_0001.sfrm  ······ 230302a_02_0366.sfrm	230302a_02.raw
3	230302a_03_0001.sfrm  ······ 230302a_03_0100.sfrm	230302a_03.raw
4	230302a_03_0101.sfrm  ······ 230302a_03_0177.sfrm	230302a_04.raw
5	230302a_03_0178.sfrm  ······ 230302a_03_0299.sfrm	230302a_05.raw
6	230302a_03_0300.sfrm  ······ 230302a_03_0366.sfrm	230302a_06.raw

重新分组积分具体步骤请参阅推文“一个测试过程中晶体严重滑动的数据处理”，或参考如下视频：

APEX4数据还原-测试过程中晶体发生了滑动，数据如何还原？（https://www.bilibili.com/video/BV1iy4y1f7qi）

晶体测试过程中持续滑动的数据处理示例（https://www.bilibili.com/video/BV1i44y1c7jP）

本案例数据重新处理后的最终结果如图7所示。

▲图7 CCDC 2254645重新处理结果

第二个数据处理前后对比如下表所示

	分辨率	信噪比	Rint	完整度	R1	wR2
投稿	0.94	11.5	12.76%	99.1	6.32%	18.87%
重新处理	0.83	16.2	7.22%	99.4	4.96%	13.89%

综上所述，在数据发表之前，一定要保存好原始衍射照片，这对于后面审稿意见的处理非常重要！

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参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Spek, A. L. Single-crystal structure validation with the program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

[3]Bruker (2021). APEX4 (Version2021.4-1). Program for Data Collection onArea Detectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

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