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最近，有B站友友留言遇到如图1所示审稿意见。 ▲图1 留言描述 该审稿意见大意如下 The calculated and reported Z values for the XRD data set-20230910-sr-1 auto do not match. | 晶体数据Z值的计算值和报告值不匹配。 |
以Olex2[1]自带数据ZP2为例，其checkCIF/PLATON[2]验证报告如图2所示，红色一列为相关项目的计算值（Calculated）——根据CIF[3]中的参数计算，绿色一列为相关项目的报告值（Reported）——CIF中对应项目的报告值，可以看到蓝色方框中Z值的计算值为8，报告值为4——此即为上述审稿意见所说的情况，即晶体数据Z值的计算值和报告值不匹配（不一致）。 ▲图2 ZP2的checkCIF/PLATON验证报告 用Olex2查看其结构（不对称单元），如图3所示，Z值（晶胞中分子的数量）在界面右上方晶胞参数处（4），其下方有一个Z'（不对称单元中分子的数量）（当前为1）——可在Work>>ToolboxWork中设置（红色箭头所指）。 ▲图3 ZP2不对称单元结构 当把Z'设为2时，Z为8，此时Z值的计算值和报告值一致，如图4所示。 ▲图4 Z值的计算值和报告值一致（红色方框） 当把“C8H11F2N3O”视作“one molecule”时，Z' = 2，Z = 8（和计算值一致），当把“C16H22F4N6O2”视作“one molecule”时，Z' = 1，Z = 4（和计算值不一致），如图5所示。 ▲图5 “one molecule”认定 如果要避免/应对上述审稿意见，只需要根据checkCIF/PLATON给出的Z值的计算值，在精修的过程中将其报告值改为相同的值即可。 相关视频： 审稿意见-Z值的计算值和报告值：https://www.bilibili.com/video/BV1um411o735 参考文献 [1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. [2](a) Spek, A. L. Single-crystal structure validation with the program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. [3](a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic InformationFile (CIF): a New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. (b)Hall, S. R. The STAR File: A New Format for Electronic Data Transfer andArchiving. J. Chem. Inf. Comput. Sci.1991, 31, 326–333. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508.
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发表于 2025-4-24 08:02:32
