Olex2及Ortep作图时设置标签后缀上下标

DJ_Tokyo · 发表于 2025-4-22 07:14:23

在使用Olex2或者Ortep绘制单晶结构透视图时，根据需要可能要对原子标签后缀进行上下标设置，尤其是在需要展示对称操作得出的结构部分时，设置适当的后缀显得非常重要，而将后缀设置为上下标则可以节省空间，使结构图看起来更加整洁美观。

我们以Olex2附带数据water为例讲解如何进行上述设置，其不对称单元结构如下图所示：

从其不对称单元可以看出，其不对称单元中包含的分子数是半个，其完整结构需要用grow操作来展示，如下图所示：

但是你会发现grow之后还是缺了一个水分子，这时就需要grow -w来使其完整地展示出来，如下图所示：

现在，我们可以把原子标签显示出来，例如显示杂原子标签，则在Work菜单下Draw子菜单下点击hetero按钮，如下图红色按钮所示：

得到的结果如下图所示，你会发现grow出来的另一半中的原子与不对称单元中的原子的标签一模一样：

这是因为默认设置是不带后缀的，后缀可以在Symmetry label中设置，如下图所示：

在风格中可以设置上下标或者括号，如下图所示：

例如Symmetry label选择X，Style则按默认格式，得到如下图所示格式标签，带有上标i的原子表示由对称操作得到，其对称操作码可以将鼠标放在其原子上得到，本例结构中的对称操作码为：-X,1-Y,-Z

当然了，你也可以根据自己的需要进行编辑，将鼠标放在原子标签上并双击，在弹出的对话框中进行更改，其上下标格式有如下四种：

1. N\-1 = N1

2. N\+1 = N1

3. N\-2\+1 = N21

4. (N\-2\0)\+1 = (N2)1

例如将其中一个后缀由i改为A：

则得到如下图所示结果，红色箭头所指：

当然了，这种方法需要一个一个去更改，你也可以在程序给定的几个选项中挑选合适的设置。

Ortep中对称操作出来的原子的后缀为“_i”，如下图所示：

该后缀也可以设置为上标，在Labels下拉菜单中选择是否勾选如下图红色箭头所示选项即可，其中两者都勾上的效果是上图所示的模样。

将其都去掉勾选，则为下图所示效果：

这个设置最好是在标记原子标签之前，因为Ortep中不能随时移动标签位置。

希望上述内容对大家有所帮助。

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