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Olex2基操-逐个原子生长 Olex2[1]可用做结构解析和精修的图形用户界面GUI（Graphical User Interface），也可用于绘制晶体结构图。 在绘制晶体结构图中，对于需要对称操作的结构来说，有时需要逐个原子对称操作，在Olex2中又将对称操作称作“grow”（笔者姑且称之为“生长”）。 在Olex2中Work>>ToolboxWork>>Growing>>Mode Grow下拉菜单中有一个选项为Shells（所有版本Olex2的Shells布局位置相同），如图1所示。 ▲图1 Work>>ToolboxWork>>Growing>>Mode Grow>>Shells Shells生长模式允许逐个原子生长，进入该模式后，能够进行对称操作的地方会产生“生长”键（"grow" bond），有如下2中生长模式： （1）点击某个“生长”键，则与该键直接相连的原子生长出来 （2）点击某个具有“生长”键的原子，则该原子所有“生长”键方向的原子生长出来 除了上述在Mode Grow下拉菜单点击Shells进入该模式外，还可以在主窗口左下角命令行输入指令“mode grow -shells”也可以进入该模式，如图2所示。 ▲图2 命令行输入指令“mode grow -shells” 以Olex2内置数据water[2]为例，其不对称单元ASU（asymmetric unit）结构如图3所示。 ▲图3 Olex2内置数据water不对称单元结构 进入Shells生长模式后，结构中出现三个“生长”键，如图4所示。 ▲图4 “生长”键 点击其中一个“生长”键（例如上图蓝色键），则该“生长”键所连的原子（氮原子）生长出来，并且该氮原子上具有的“生长”键也显示出来，如图5所示。 ▲图5 “生长”出来的氮原子 点击该氮原子，则氮原子上的两个“生长”键方向的原子（碳和硫）均“生长”出来，并且这两个原子上的“生长”键也显示出来，如图6所示。 ▲图6 继续“生长”出来的碳原子和硫原子 按键盘上的Esc键或Olex2左下角表明处于Shells模式的黄框中的ESC即可退出该模式，如图7所示。 ▲图7 退出Shells模式按钮 上述操作“生长”了三个原子，退出模式后结果如图8所示。 ▲图8 “生长”的三个原子 使用FUSE指令即可回到ASU结构。 在结构解析和精修过程中，逐个生长操作可以帮助查看局部结构环境，而在绘制晶体结构图中，则可以根据作图需求“生长”出所需结构部分。 视频操作演示请参阅： Olex2基操-逐个原子生长：https://www.bilibili.com/video/BV1ssFmewEET 参考文献 [1] Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726. [2] (a) Kamenar, B.;Jovanovski, G. Manganese(II) Saccharinate Hexahydrate, Mn(C7H4NO3S)2·6H2O,and Isomorphism with the Analogous Iron, Cobalt, Nickel, Zinc, and CadmiumComplexes. Cryst. Struct. Commun. 1982, 11, 257–261. (b) Cao, Y.-L.; Li, Q.-B.; Zhang, S.-S. Synthesis andCrystal Structure of Tetraaquabis(saccharinato-N) Manganese(II) DihdrateCompund [Mn(C7H4NO3S)2(H2O)4]·2H2O.Huaxue Shijie 2013, 54, 471–473. DOI: 10.19500/j.cnki.0367-6358.2013.08.007. 声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：Olex2基操-逐个原子生长.pdf
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发表于 2025-4-21 10:31:14
