高斯理论计算——Gaussian入门——Windows系统——模型建立

搁浅

一、GaussView简介

1、GaussView的功能

• Gaussian的配套可视化工具
• 计算模型的建立
• 输入文件的建立
• 结果的可视化
• 轨道图形的查看
• 振动模式的归属
• 光谱结果的查看
  

图1.GaussView 界面

2、GaussView注意事项

不建议用Calculate向Gaussian提交计算任务

• 有冗余坐标
• 有些非必须关键词
• 输出信息并未指定
  

图1.GaussView 计算设置界面

二、从cif文件建立模型

1、单晶数据来源

• CCDC官网查询已有的单晶结构下载 https://www.ccdc.cam.ac.uk/
• 离线软件CSD下载
• 最新的文献报道的单晶
• X-射线单晶衍射
  

2、步骤

• 2.1 用diamond等打开cif文件，取出结构单元
•       保存为.mol，.mol2文件格式
•       用GaussView打开再保存为.gif文件
• 2.2 使用Mercury截取晶胞单元，因为高斯无法识别单晶中无序组分。因此，Mercury具有可以删除无序组分用于后续计算的优势（这是我有单晶结构时候最常用的方法），mercury破解版软件见计算软件分类，我有分享。
  

3、从ChemOffice建模

• 使用ChemDraw建立平面结构
• 导入Chem3D显示3D结构
• 保存为.mol2格式
• 使用GaussView打开，保存为.gif格式（这是我没有单晶结构时候最常用的方法）