CheckCIF-B级警报PLAT410

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CheckCIF-B级警报PLAT410

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Structure refinement: SHELXL[2]    Crystallographic tool: PLAOTN[3]

案例来源：CCDC[4] 2210934, Org.Chem. Front. 2023, 10, 2526–2531. DOI[5]: 10.1039/d3qo00266g.

案例结构如图1所示，结构中H1和H2之间的距离为1.797 Å，由于小于2.1 Å而触发了B级警报PLAT410（参阅推文“CheckCIF-PLAT410”）。

▲图1 B级警报PLAT410

这两个氢原子位于刚性芳香环的1,5-位，结构骨架决定了它们之间的距离必然很近，因此可以组织语言对其进行解释，如图2所示。

▲图2 对B级警报PLAT410的解释

当然，如果从消除AB级警报的角度考虑（不推荐这样考虑），可以删除这两个氢原子，然后将Q峰定为氢，如图3所示。

▲图3 代表氢原子位置的Q峰

此时两个氢原子之间的距离变长了，但该B级警报仍然存在，如图4所示。

▲图4 B级警报PLAT410

可以用DFIX指令（如：DFIX 2.1 0.01 H1H2）限制两个氢原子之间的距离来消除B级警报，如图5所示，但这也导致R因子上升，且属于人为影响键长数据了，因此不推荐这样做。

▲图5 限制氢原子之间距离的结果

视频讲解请参阅：

CheckCIF-B级警报PLAT410：https://www.bilibili.com/video/BV1vP4De4ELR

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参考文献

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