晶体结构解析案例30(B级警报PLAT601)

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); PLATON[2] (Version: 241123); SHELXL[3] (Version: SHELXL-2019/2); Mercury[4] (Version: Mercury 2023.2.0 (build 382240))

最近，处理一个晶体数据，MaxPeak大约在1.2，由此引发了一个B级警报PLAT601（参阅推文“CheckCIF-PLAT601”），如图1所示。

▲图1 B级警报PLAT601

增大Q峰数据，精修后，按下Ctrl+G发现最大残余峰Q1是一个孤立的状态，如图2所示。

▲图2 孤立的Q1

根据已知溶剂信息“HI、CH3OH、Et2O”，结合上述Q1为孤立的信息，姑且将Q1定为氧（可能是游离的水），精修后，此时最大的残余峰在O1附近，O1的位置多重度为1/2（Xtal: 0.5），几何结构如图3所示。

▲图3 O1附近的残余峰

至此，溶剂分子很可能是乙醚，将残余峰Q1和Q2定为碳，结果如图4所示。

▲图4 乙醚分子

此时产生新的残余峰，结合电子云图，显然该乙醚分子是无序的，而且O1的位置多重度为1/2，表明该乙醚分子穿过对称元素，用Mercury查看可知该对称元素是反演中心（参阅视频“Mercury基操-查看对称元素：https://www.bilibili.com/video/BV1U44y1U7ZF”），如图5所示。

▲图5 乙醚分子所处对称元素

根据上述信息，对该乙醚分子做特殊无序处理（PART -110.5），用DFIX指令和DANG指令对其几何结构进行限制，用SIMU指令对其原子各向异性位移参数进行限制，最终结果如图6所示，已消除B级警报PLAT601。

▲图6 最终结果

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

[3](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

[4]Macrae, C. F., Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P.,Taylor, R., Towler, M. & van de Streek, J. (2006). J. Appl. Cryst. 39,453-457.

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