Olex2基操-输出模型文件(oxm文件)

DJ_Tokyo

Olex2基操-输出模型文件(oxm文件)

最近，在抖音上有小伙伴留言如图1所示问题。

▲图1 问题描述

在Olex2[1]中，可以使用指令“save model filename”指令来生成模型文件“filename.oxm”（即oxm文件），以Olex2自带数据sucrose[2]为例，绘制堆积图后，在Olex2主界面命令行（左下角）输入“save model pack”并回车，如图2所示。

▲图2 输入指令“save model pack”

在数据文件夹中会产生一个“pack.oxm”文件，如图3所示，此处的“pack”就是“savemodel filename”中的“filename”（文件名）。

▲图3 产生的“pack.oxm”文件

在Olex2中打开oxm文件如图4所示，右上角橙黄色表明打开的是oxm文件。

▲图4 Olex2打开oxm文件

还有一个方法就是使用指令“filefilename.oxm”指令来生成oxm文件，例如输入“file asu.oxm”指令并回车来生成显示不对称单元ASU（asymmetry unit）结构的oxm文件，如图5所示。

▲图5 输入指令“file asu.oxm”指令

在数据文件夹中会产生一个“asu.oxm”文件，如图6所示，此处的“asu”就是“filefilename.oxm”中的“filename”（文件名）。

▲图6 产生的“asu.oxm”文件

视频操作演示请参阅：

Olex2基操-输出模型文件(oxm文件)：https://www.bilibili.com/video/BV1C8mzYkEkW

参考文献

[1]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[2]    (a)Jaradat, D. M. M.; Mebs, S.; Chęcińska, L.; Luger, P. Experimental ChargeDensity of Sucrose at 20 K: Bond Topological, Atomic, and IntermolecularQuantitative Properties. Carbohyd. Res.2007, 342, 1480–1489. DOI:10.1016/j.carres.2007.04.004. (b) Lee, T.; Chang, G. D. SucroseConformational Polymorphism: A Jigsaw Puzzle with Multiple Routes to a UniqueSolution. Cryst. Growth Des. 2009, 9, 3551–3561. DOI: 10.1021/cg900294d.(c) Kimura, F.; Kimura, T.; Oshima, W.; Maeyama, M.; Aburaya, K. X-rayDiffraction Study of a Pseudo Single Crystal Prepared from a Crystal Belongingto Point Group 2. J. Appl. Cryst. 2010, 43, 151–153. DOI:10.1107/S0021889809048006. (d) Reliable Structural Data from RietveldRefinements via RestraintConsistency. J. Appl. Cryst. 2015, 48, 1777–1784. DOI:10.1107/S1600576715018233. (e) Woińska, M.; Grabowsky, S.; Dominiak, P.M.; Woźniak, K.; Jayatilaka, D. Hydrogen Atoms Can Be Located Accurately andPrecisely by X-ray Crystallography. Sci.Adv. 2016, 2, e1600192. DOI: 10.1126/sciadv.1600192.(f) Lu, Y.; Gray, D. L.; Yin, L.; Thomas, L. C.; Schmidt, S. J. Unraveling theWide Variation in the Thermal Behavior of Crystalline Sucrose Using an EnhancedLaboratory Recrystallization Method. Cryst.Growth Des. 2018, 18, 1070−1081. DOI:10.1021/acs.cgd.7b01526. (g) Chick, C. N.; Misawa-Suzuki, T.; Suzuki,Y.; Usuki, T. Preparation and Antioxidant Study of Silver Nanoparticles ofMicrosorum Pteropus Methanol Extract. Bioorg.Med. Chem. Lett. 2020, 30, 127256. DOI:10.1016/j.bmcl.2020.127526.

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