Diamond中建立原子到环中心键

DJ_Tokyo

Diamond中建立原子到环中心键

在配位化学中芳香五元环和六元环与金属以η5或η6的形式配位，这种配位模式在晶体学软件中通常以金属与芳香环中每一个原子相连表示，如下图所示的金属与环戊二烯基配位模式结构图：

文献中或教科书中经常以金属到芳香环中心的一根键来表示这种配位模式，即如下图所示形式：

Diamond打开上图所示结构的cif文件时，也是五根键相连，如下图所示：

要将这个五根键变为从金属到该五元环中心的一根键，那么就要在五元环中心建立一个假原子，然后在这个假原子和金属之间添加一根键即可，这是基本思路，具体步骤如下：

首先选中这个芳香五元环的五个原子，按住Ctrl键不放，依次用鼠标左键点击这五个原子(选中后，被选择的原子均有黄色方框标记)，然后在Structure下拉菜单中点击Insert Atom，在弹出的Insert Atom对话框中可以看到要插入的假原子的坐标，无需改动，直接点击OK按钮即可，可以看到在该芳香五元环中心位置产生了一个假原子，如下图最右边红色箭头所指白色原子：

然后点击Build下拉菜单中的Insert Bonds进入建新键模式，然后依次点击该假原子和金属原子，即可在这两个原子之间建立新的键，建立好新的化学键后，再次点击Build下拉菜单中的Insert Bonds退出该模式：

然后将金属与该芳香五元环的五个原子之间的键删除即可，得到如下图所示结果：

然后将假原子的透明度设置为1即可(即完全透明)，选中该假原子，然后在如下图所示蓝色方框或红色方框的任意一种方式打开Atom Design对话框，将Transparency(透明度，红色箭头所指)设置为1，然后点击确定：

最终效果如下图所示(前面用的Diamond 4，可能由于没有许可证，部分功能无法使用，下图为diamond 3结果)：

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通过网盘分享的文件：CheckCIF-B级警报PLAT342解决示例.pdf

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