无序描述文献案例1

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无序描述文献案例1

案例来源：J. Am.Chem. Soc. 2017, 139, 18194–18197. (DOI: 10.1021/jacs.7b11465)

在该文献界面点击SupportingInfo链接：

在界面右边SupportingInformation中，点击ja7b11465_si_001.zip(6.49 MB)下载该文献相关CIF文件的压缩包，点击ja7b11465_si_002.pdf(12.75 MB)下载该文献的支撑信息文件：

在支持信息中找到如下所示晶体详情信息：

2-Br是该系列配合物(BBNPDPtBu)FeX2(N2H4)中卤素为溴的具体编号，如下图所示：

将下载的ja7b11465_si_001.zip得到如下文件，找到文件名为2-Br的文件，如下图所示：

以记事本的方式打开2-Br.cif文件，找到如下信息，即为上面的Local name: jk2173

在晶体详情信息中可以找到精修详情(RefinementDetails)，如下图所示：

其中第一句话"Amethylene chloride molecule was refined as disordered."表明结构中的二氯甲烷精修为无序，但在分子图中并没有看到二氯甲烷，实际上这一点在图标题中已做说明，即"Cocrystallizedsolvent molecules have also been omitted."，表明共结晶溶剂分子(此处为二氯甲烷)已被删除，当然，这里的删除指的是绘图时将其从图片中删除(或者说绘图时没有将其显示出来)，而不是在精修时将其删除。插句题外话，其实晶体结构绘图就相当于拍照，例如在制作简历、**等文件时，我们通常使用证件照，即照片中只有肩膀以上的面部照片，而在社交软件上秀照片时，则会使用带背景的全身照。说穿了，照片是为目的服务的，晶体图也是一样的，就像此处，作者主要想利用晶体图表达2-Br的主体结构，因此晶体图中可以不显示共结晶的二氯甲烷溶剂(就像证件照中不显示肩膀以下的身体部分)。

用晶体软件(例如Olex2)打开该2-Br.cif文件(为方便起见，将2-Br.cif放到一个新建的2-Br文件夹中)，可以看到结构**结晶的无序二氯甲烷分子，如下图所示：

第二句话"Thetwo moieties were restrained to have similar geometries."是指对无序的二氯甲烷的两个组分做了限制，使其具有相似的几何结构，在Olex2中Work选项卡下点击Refine按钮右边的白色箭头展开Refine栏，并点击Extract and open，此时Olex2将提取2-Br.cif中的嵌入式res和hkl文件，并打开该res文件，如下图所示：

点击工作目录按钮，如下图所示：

可以看到Olex2从2-Br.cif中提取的res文件(JK2173_0m.res)和hkl文件(JK2173_0m.hkl)：

此时Olex2右上角变为蓝色(表明打开的是res文件)，如下图红色圈圈所示，绿色代表打开的是cif文件(见前图)，文件路径则可以看到打开的具体res文件，如下图红色箭头所指：

选择所感兴趣的结构部分，如本例中的无序二氯甲烷溶剂分子，然后点击Olex2界面右上角椭球上有个铅笔的图标，如下图所示：

在PART 2上方有一条SAME指令"SAME 0.020.04 C42 > Cl2"(该指令等同于"SAME0.02 0.04 C42 C11 Cl2"，因为在ins文件中这三个原子按照C42 C11 C12的顺序排列，则首中间的原子可使用>代替，例如，若ins文件中五个原子按照C1 C2 C3 C4 C5排列，则指令"ISOR 0.010.02 C1 C2 C3 C4 C5"可缩写为"ISOR0.01 0.02 C1 > C5"；若ins文件中五个原子按照C5 C4 C3 C2 C1排列，则指令"ISOR 0.010.02 C1 C2 C3 C4 C5"可缩写为"ISOR0.01 0.02 C1 < C5")，这里的SAME即具有"The twomoieties were restrained to have similar geometries."的作用：

第三句话"Uijcomponents of ADPs for disordered atoms closer to each other than 1.7 Å were

restrainedto be similar."表明将相互间距离小于1.7 Å的无序原子的ADP限制为相似，这对应于ins文件中的SIMU指令"SIMU 0.010.02 2 C42 > Cl2B"(此处"SIMU0.01 0.02 2 C42 > Cl2B"等同于"SIMU0.01 0.02 2 C42 C11 C12 C42B C11B Cl2B")：

第四句话"Subjectto these conditions the occupancy ratio refined to 0.651(10) to 0.349(10)."表明根据以上这些限制条件，无序二氯甲烷的两个组分的占有率精修为0.651(10)和0.349(10)，在Olex2中将鼠标悬停在其中一个组分中任意一个原子上即可查看其占有率：

或者查看ins文件，属于PART 1的原子，其占有率21.00000，这里的2表示其占有率与第二个自由变量(此例中第二个自由变量为0.651，如下图红色箭头所指)连接，1.00000表示全占位，因此其占有率为1.00000×0.651=0.651；属于PART 2的原子，其占有率为–21.00000，表示其占有率为1–1.00000×0.651=0.391：

上面看到的占有率均没有标准偏差，以记事本的方式打开2-Br.cif文件，找到原子列表，无序标记(_atom_site_disorder_group)是最后一项，可以看到1(表示PART 1)和2(表示PART 2)的标记，占有率(_atom_site_occupancy)是第8项，在原子信息中从左往右数第8项，可以看到PART 1的原子其占有率为0.651(10)，PART 2的原子其占有率为0.349(10)，此即为上述无序描述中带有标准偏差的占有率：

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