CheckCIF-B级警报PLAT340解决案例1

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CheckCIF-B级警报PLAT340解决案例1

最近，有个晶体数据如图1所示（由Olex2[1]呈现），各项精修指标都不错。

▲图1 数据指标概览

但如图2所示（由PLATON[2]呈现），存在一个B级警报PLAT340（参阅推文“CheckCIF-PLAT340”）。

▲图2 B级警报PLAT340

该结构中碳碳键主要在K(18-C-6)片段上，如图3所示，这些碳原子椭球均有不同程度的形变，其形变方向绕中心K原子旋转。

▲图3 K(18-C-6)片段

对整个18-C-6做二组分无序处理，用SHELXL[3]指令SAME（参阅推文“SHELXL指令之SAME”）限制两个无序组分的几何结构，用SIMU指令（参阅推文“SHELXL指令之SIMU”）限制两个无序组分的原子位移参数，结果如图4所示，警报PLAT430从原来的B级降为C级。

▲图4 K(18-C-6)片段二组分无序处理结果

视频讲解请参阅：

CheckCIF-B级警报PLAT340解决案例1：https://www.bilibili.com/video/BV1Dscje9E3G

相关推文：

晶体结构解析案例33(B级警报PLAT342和PLAT340)

CheckCIF-B级警报PLAT340(碳碳键精度)

参考文献

[1]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[2]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

[3]    (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen,Germany, 2019. (b)Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI:10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218.(d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.;Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical ScatteringFactors for SHELXL – Model,Implementation and Application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840.

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