Diamond基操-删除单个多面体

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Diamond基操-删除单个多面体

在之前的推文“Diamond基操-删除多面体”（视频“Diamond基操-删除多面体：https://www.bilibili.com/video/BV1YxDFYXEzV”）中介绍过Diamond[1]中一次性删除所有多面体的操作步骤，最近小红书上有小伙伴希望删除一部分多面体，而非全部，如图1所示。

▲图1 问题描述

以Olex2[2]内置数据Co110[3]（CCDC[4] 196311）为例，用Diamond打开其CIF[5]文件，绘制晶胞堆积图（参阅视频“Diamond基操-中心透视晶胞堆积图绘制(文献案例)：https://www.bilibili.com/video/BV1qdd9Y8EX2”）后，建立多面体，如图2所示粉色四面体。

▲图2 晶胞堆积图中的多面体

在界面右侧Datasheet下拉列表中找到Table ofPolyhedra，如图3所示（如果界面右侧没有Data sheet窗口，则可以点击View下拉菜单中的Data sheet将其调出）。

▲图3 Data sheet>>Table of Polyhedra

该列表中列出了画布中呈现的所有多面体（如本例中有12个），用鼠标左键单击列表中某行，该行显示蓝色底纹表示被选中（右上角红色箭头所指），而在画布中则是多面体中心金属被选中，呈现一个方框（右下角红色箭头所指），如图4所示。

▲图4 多面体列表及其选择

选中后，在Table ofpolyhedra处单击鼠标右键，在右键菜单中有一个Destroy Polyhedra选项，如图5所示，点击该选项即可删除相应多面体，结果如图6所示（注意：不要在选中多面体后在画布中按Delete键，因为这会将中心金属原子一并删除）。

▲图5 Table of polyhedral>>Destroy Polyhedra

▲图6 删除的多面体

当然，此法亦可批量删除多面面体，如图7–8所示。

▲图7 选择多个多面体并删除

▲图8 删除多个多面体结果

视频操作演示和讲解请参阅：

Diamond基操-删除单个多面体：https://www.bilibili.com/video/BV14xdfYxEyW

参考文献

[1]    Brandenburg, K.;Putz, H. DIAMOND – Visual Crystal Structure Information System.Ver. 4.6.1; Crystal Impact: Bonn, Germany, 2019.

[2]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and **ysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[3]    Congreve, A.;Kataky, R.; Knell, M.; Parker, D.; Puschmann, H.; Senanayake, K.; Wylie, L.Examination of Cobalt, Nickel, Copper and Zinc(ii) Complex Geometry and BindingAffinity in Aqueous Media Using Simple Pyridylsulfonamide Ligands. New J. Chem. 2003, 27, 98–106. DOI: 10.1039/B206279H.

[4]    (a) Allen, F. H.The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million Crystal Structuresand Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI:10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[5]    (a) Hall, S. R.;Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): A NewStandard Archive File for Crystallography. ActaCryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

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