晶体数据审稿意见-CCDC2057102(孪晶精修)

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晶体数据审稿意见-CCDC2057102(孪晶精修)

案例来源：CCDC[1] 2057102. New J. Chem. 2024, 48, 18695–18699.DOI[2]: 10.1039/d4nj03582h.

审稿意见如下：

审稿意见	大意
There are 4 Structures in this paper. We  examined this file: 2057102-2063197.	该论文中有4个结构。我们检查了这些文件：2057102‒2063197。
The following CIF items are missing from at  least one structure:	至少一个结构缺失以下CIF[3]条目：
_computing_data_collection	_computing_data_collection
In some structures, a solvent mask has been  used, but nothing regarding this process has been reported in the CIF. This  is not acceptable. You must provide information regarding the estimated  number and nature of the masked moieties.	在某些结构中，使用了溶剂遮掩，但CIF中没有关于这一过程的报道。这是不可接受的。您必须提供有关被遮掩部分的估计数量和性质的信息。
The relevant information should be readily  available from the TGA/DSC results, the knowledge of the crystallisation  conditions and, finally, from the number of masked electrons, the size of the  void and the relative position of electron density peaks before the mask was  applied.	相关信息应易于从热重分析/差示扫描量热法结果、结晶条件信息以及最后从遮掩电子的数量、孔隙的大小和施加遮掩之前电子密度峰的相对位置获得。
The reported formulae must contain the  masked moieties, leading to the incorrect reporting of many follow-on  quantities like the density, molecular mass, F000 and absorption coefficient  μ.	所报道的分子式必须包含遮掩部分，导致许多后续量（如密度、分子量、F000和吸收系数μ）的报道不正确。
"The chemical formula must be  consistent with the atomic content specified by the _atom_site_ information,  and match the _chemical_formula_weight. If atoms are missing from the atomic  model (e.g. unlocated H atoms or solvent molecules suppressed by the  'SQUEEZE' or similar approach), the moiety and sum formulae should state the  assumed overall formula."	“化学分子式必须与_atom_site_信息指定的原子内容一致，并与_chemical_formula_weight相匹配。如果原子模型中缺失原子（例如未定位的氢原子，或者由‘SQUEEZE’或类似方法抑制的溶剂分子），单体分子式和总体分子式应指明假定的总体子式。”
--https://journals.iucr.org/c/services/cif/reqdata.html	--https://journals.iucr.org/c/services/cif/reqdata.html

上述是总体审稿意见，以下为单独审稿意见：

审稿意见	大意
**3** (CCDC 2057102)    The residual density plot clearly shows problems,  probably with missed disorder. Therefore, the R factors are also relatively  high.    The largest peaks are not associated with  the metals. Please address this issue.    Please report what has been masked properly  (see above).	**2** (CCDC 2057104)    残余密度图清晰表明问题，可能存在未处理的无序。因此R因子相对较高。       最大残余峰与金属无关。请处理该问题。       请正确报道遮掩的内容（见上文）。
Structure 3 (CCDC 2057102): C78 H98 Cl Co2  K N3 O6 P3    These CheckCif A and B alerts are raised by  this structure:    910_ALERT_3_B Missing # of FCF  Reflection(s) Below Theta(Min). 21 Note	结构3（CCDC 2057102）：C78 H98 Cl Co2 K N3 O6 P3    该结构存在以下A和B级警报：    910_ALERT_3_B Missing # of FCF  Reflection(s) Below Theta(Min). 21 Note
Please ensure that no CheckCif alerts  remain, and if any do, please comment on them and explain why it is  impossible to address these issues. You will have to re-process your  diffraction data carefully.	请确保没有CheckCif警报（注：此处指的是A级和B级警报），如果有，请对其进行评论，并解释为何无法解决这些问题（请勿忽略这后半句，参与推文“晶体领域中的断章取义”）。您必须仔细重新处理衍射数据。

如图1所示，该结构投稿时用Olex2[4]的Solvent Mask[5]例程做了溶剂遮掩，但没有报道遮掩的内容。

▲图1 CCDC 2057102（投稿）

笔者帮其取消了溶剂遮掩，并建模了溶剂（四氢呋喃），对结构中P上的苯基、N上的金刚烷基以及K上的18-冠-6无序处理，结果如图2所示。

▲图2 CCDC 2057102（第一次修正）

对于B级警报PLAT910（参阅推文“CheckCIF-PLAT910”），这不是解析和精修能解决的，通常需要重新测试才有可能解决（参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”和“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”），虽然溶剂遮掩也可能可以解决，参阅推文“晶体结构解析案例49(B级警报PLAT084和PLAT910)”，但并不适用于此结构，因此只能对其进行解释说明，如图3所示。

▲图3 B级警报PLAT910解释说明

返稿后，给出如下审稿意见：

审稿意见

大意

This structure reports spurious bonds, such  as these:    Distance (Co2-P1): CIF: 2.7288(15) Actual:  2.729    Distance (Co2-P2): CIF: 2.7464(16) Actual:  2.746    Distance (Co2-P3): CIF: 2.7354(16) Actual:  2.735    Please amend your connectivity table so  that only real bonds will be reported in the CIF bond table (CONN $P 4)    Please also report all masked entities;  currently, only the contents of the model are reported:    _chemical_formula_moiety 'C78 H98 Cl Co2 K  N3 O6 P3'    _chemical_formula_sum 'C78 H98 Cl Co2 K N3  O6 P3'    _chemical_formula_weight 1458.91

该结构报道虚假的键，例如这这些：    距离（Co2-P1）：CIF：2.7288(15)，实际：2.729    距离（Co2-P2）：CIF：2.7464(16)，实际：2.746    距离（Co2-P3）：CIF：2.7354(16)，实际：2.735    请修正连通性列表，这样就只有真实的键将被报道在CIF键列表中（CONN $P 4）。       请报道所有遮掩的实体；当前，仅报道了建模的内容：    _chemical_formula_moiety 'C78 H98 Cl Co2 K  N3 O6 P3'    _chemical_formula_sum 'C78 H98 Cl Co2 K N3  O6 P3'    _chemical_formula_weight 1458.91

审稿人怀疑结构中与N相连的Co和P之间的键不是真实的键，要求用SHELXL[6]指令CONN（参阅推文“SHELXL指令之CONN”）“CONN $P 4”将P的最大成键数目设置为4从而从连通性列表中删除这些Co‒P键，不过作者认为Co和P之间可能存在弱配位作用，因此也就没有按照审稿人的意见使用CONN指令来删除这些Co‒P键（虽然论文中结构也没有绘制这些Co‒P键），如图4所示，另外就是CIF中报道的键长是小数点后四位，但轮中说明这些键长时用的小数点后三位，这个不一致也被指出来了，这个按照审稿人要求将论文中的数据改为与CIF中一致即可。（这有可能是利用软件从CIF中导出键长键角数据，而软件在导出数据时做了四舍五入造成的，参阅视频“为何我自己基本不用软件生成键长键角表？：https://www.bilibili.com/video/BV1M84y1E71Z”。）

▲图4 Co‒P键讨论

再稿后得到如下回复：

**3** (CCDC 2057102)    - Refining this structure as a twin using  an hklf5 file generated with the twin law 1 0 0.191 0 -1 0 0 0 -1, (BASF  refines to 0.09) gives a significant improvement in the refinement from R1  9.8, wR2 31.2, max peak 2.5, min peak -0.7 to R1 7.7, wR2 26.9, max peak 1.4,  min peak -0.5. I think it would be worth doing this.

**3** (CCDC 2057102)    使用孪晶法则1 0 0.191  0 -1 0 0 0 -1生成的hklf5文件将此结构作为孪晶精修，BASF精修至0.09，能显著将精修从R1 9.8, wR2 31.2, max peak 2.5, min peak  -0.7改善为R1 7.7,  wR2 26.9, max peak 1.4, min peak -0.5。我认为这样做是值得的。

于是按照审稿人建议，用PLATON[7]生成HKLF5格式文件，如图5所示，在PLATON中运行TwinRotMat，检测到一个孪晶法则，点击右下角红色箭头所指的HKLF5-Gener即可生成HKLF5格式的ins和hkl文件。

▲图5 PLATON生成HKLF5格式文件

使用HKLF5格式文件精修，残余峰和R因子确如审稿人所说得到较大改善，如图6所示。

▲图6 CCDC 2057102（发表）

取消溶剂遮掩，将溶剂进行妥善建模后得到如下回复：

Thank you for your comments and corrections and  modelling of the solvent.

感谢您的评论和修正，以及对溶剂的建模。

但是不要忘了修改论文中的描述：

The experimental still states that Squeeze was  used however the solvent has now been modelled, please remove this and give  details of the solvent modelling. Please also add in details of the disorder  modelling and twinning once modelled.

实验部分仍然指出使用了Squeeze，但现已建模溶剂，请删除此描述，并给出溶剂建模的详情。请添加无序建模和孪晶建模的详情。

如需数据进行练习，请从以下链接下载：

论文PDF文档和CIF文件：

链接:https://pan.baidu.com/s/1-53EeWjc6peNHv4fzRI8rA

提取码: 9m39

晶体数据：

链接:https://pan.baidu.com/s/1E8WgnApqMsXJ8MkWjprKIg

提取码: ssjb

视频讲解请参阅：

晶体数据审稿意见-CCDC2057102(孪晶精修)：https://www.bilibili.com/video/BV1VDKpefEZG

参考文献

[1]    (a) Allen, F. H.The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million Crystal Structuresand Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI: 10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

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[3]    (a) Hall, S. R.;Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): A NewStandard Archive File for Crystallography. ActaCryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

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声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。

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