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本文所用数据还原软件：APEX4[1] 本文所用图形用户界面：Olex2[2] 本文所用结构解析程序：SHELXT[3] 本文所用结构精修程序：SHELXL[4] 最近，陕西某高校友友求助晶体结构解析，非对称单元（ASU, asymmetricunit）中有三个分子式单元（FU,formula unit），结构模型搭建完成后，R因子居高不下，虽然数据质量看起来似乎不错（分辨率、信噪比、Rint和完整度），如图1所示。 ▲图1 数据概况 观察差值电子密度图发现，结构中距离主体结构很近的地方有较大残余峰，这些残余峰不是无序，而是不应存在的诡异的峰，查看其Fobs vsFcalc图（点击R1值右侧的百分号图标%查看），如图2所示，离散程度堪称离谱。 ▲图2 案例数据的Fobs vs Fcalc图 Fobsvs Fcalc图是观测结构因子（Fobs或Fo）与计算结构因子（Fcalc或Fc）的拟合图。正常来说，该拟合图应为一条直线，离群点越少，表明两者拟合程度越高，相应地，R1值越小（ ），例如Olex2内置数据Sucrose的拟合图如图3所示。 ▲图3 Olex2内置数据Sucrose的Fobs vs Fcalc图 如果数据的观测结构因子与计算结构因子之间的拟合非常差，那么需要从原始衍射图像入手处理进行解决。如果具有这样问题的数据未经处理进行投稿，很可能会被打回重新处理，参阅微信公众号“单晶X射线衍射结构测定”2024年6月4日推文“审稿意见240602-Fo-Fc图”。 好在本案例中，该友友找测试机构及时要回了原始衍射图像文件（1537个sfrm文件（布鲁克单晶仪数据），共1.52 GB——原始衍射图像文件这么大，这可能是测试机构不主动给的原因，这就需要自己及时索要，否则时间一长，测试机构可能就把数据删除了），查看其倒易空间点阵，发现很明显是孪晶，如图4所示。 ▲图4 案例数据的倒易空间点阵 孪晶拆分处理后，信噪比提高了，R因子也将下来了，Fobs vs Fcalc图相较于孪晶拆分处理之前更加接近一条直线，如图5所示。（注：孪晶拆分后，空间群没有变化，但此时ASU中只有一个FU。） ▲图5 孪晶拆分后的Fobs vs Fcalc图 相关视频： 晶体结构解析组内培训12(R因子)：https://www.bilibili.com/video/BV1Um42157nS 参考文献 [1]Bruker (2021). APEX4 (Version2021.4-1). Program for Data Collection onArea Detectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA. [2]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and **ysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. [3]Sheldrick, G. M. SHELXT – Integratedspace-group and crystal structure determination. Acta Cryst. 2015, A71, 3–8. [4](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.
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发表于 2025-4-15 07:14:43
