CIF文件申请CCDC号时提示读取文件数据时遇到错误

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CIF文件申请CCDC号时提示读取文件数据时遇到错误

最近，福建某高校一位小伙伴遇到如图1所示问题，CIF[1]上传至CCDC[2]，提示“Server encounteredan error reading the file data”（服务器在读取文件数据时遇到错误）。

▲图1 CCDC提示

于是让对方把CIF文件发来看看，其CIF文件为16+MB，如图2所示。

▲图2 CIF文件大小

这么大的CIF文件，起初以为是多个CIF文件的合并文件，一开始考虑是不是多个同名数据合并造成的，打开CIF文件发现就是单个数据。于是用Olex2[3]提取res和hkl文件，用SHELXL[4]重新精修生成CIF文件，发现生成的CIF文件是22+MB，如图3所示。

▲图3 新生成的CIF文件大小

将该CIF文件上传至CCDC，发现是可以正常被服务器读取的，如图4所示。

▲图4 正常读取CIF文件

然后查看其原来的CIF文件，其中包含_shelx_fab_file，如图5所示，但不包含_shelx_hkl_file。

▲图5 原CIF中包含的_shelx_fab_file

而笔者精修生成的CIF中包含了_shelx_hkl_file，而且其后也包含了_shelx_fab_file，如图6所示。

▲图6 笔者精修生成的CIF文件

于是询问对方在精修的时候，HKL/RES选项选择的是什么，对方告知选择的是“Include[IUcr]”，如图7所示。

▲图7 对方选择的嵌入CIF文件方式

Olex2中HKL/RES三个选项“Include [IUcr]”“Exclude”和“Leave as is”含义如下：

Include/Exclude  HKL and RES in your CIF

在CIF中包含/排除HKL和RES

Here  you can determine whether you want to include the HKL/RES files in your final  CIF or not. Please note: If you choose 'Leave as is', then nothing will be  done to your CIF - the HKL/RES part will be included exactly as it was  returned by the refinement program. ShelXL-2013 includes the HKL and RES  information as plain text by default. If you select 'Exclude', no HKL and res  information will be included. If you choose 'Include [IUcr]', the RES and HKL  information will be included in the official IUCr/CIF definition format: as a  loop.

在这里，您可以确定是否要在最终CIF中包含HKL/RES文件。请注意：如果您选择“Leave as is”，则不会对您的CIF进行任何处理——HKL/RES部分将完全按照精修程序返回的内容包含在内。ShelXL-2013默认以纯文本形式包含HKL和RES信息。如果选择“Exclude'”，则不会包括HKL和res信息。如果您选择“Include [IUcr]”，RES和HKL信息将以官方IUCr/CIF定义格式包含：作为循环。

目前，绝大多数期刊对于CIF文件的要求都是需要嵌入HKL和RES文件，因此精修中通常不选择“Exclude”，而如果要投稿到IUCr（InternationalUnion of Crystallography, 国际晶体**合会）旗下期刊，则应当选择“Include[IUcr]”以循环形式嵌入HKL和RES文件，如果不是要投稿到这些IUCr期刊，则选择“Leave as is”以精修程序（如SHELXL）本身格式嵌入HKL和RES文件即可。

▲图8 IUCr期刊

笔者用Olex2内置数据sucrose选择“Include [IUcr]”来嵌入HKL和RES文件生成的CIF上传至CCDC是可以正常被服务器读取的。

然后又找了一个数据，也是有溶剂遮掩的，选择“Include[IUcr]”HKL和RES文件生成的CIF中也只包含_shelx_fab_file而没有_shelx_hkl_file，上传至CCDC发现也是可以正常被服务器读取的。

由此可见，上述情况可能就是个特例。。。

参考文献

[1]    (a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D.The Crystallographic Information File (CIF): a New Standard Archive File forCrystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

[2]    (a) Allen, F. H. The Cambridge StructuralDatabase: a quarter of a million crystal structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI: 10.1107/S0108768102003890. (b) Allen, F. H. TheCambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures andrising. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954.

[3]    Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R.J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2:A Complete Structure Solution, Refinement and **ysis Program. J. Appl. Cryst.2009, 42, 339–341. DOI:10.1107/S0021889808042726.

[4]    (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3,Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI:10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.;Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scatteringfactors for SHELXL – model,implementation and application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840.

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