晶体数据审稿意见-B级警报处理(大量无序)

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晶体数据审稿意见-B级警报处理(大量无序)

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Structure refinement: SHELXL[2]

案例来源：Org. Chem. Front. 2024, 11, 4496–4501. DOI:10.1039/D4QO01075B.

前段时间，有小伙伴论文晶体数据审稿意见找笔者帮忙处理。

▲图1 问题诉求

审稿意见

大意

**exp_14612** (CCDC 2349582)    Similar comments  apply here as well. I would also recommend using a solvent mask for the  unconnected carbon fragments. There are two independent molecules, so why is  the formula based on Au2?    Respond: The free solvent n-hexane has been modelled  appropriately and the formula is based on Au (C52H55AuIN5O4·0.25C6H14)  in the revised data set, and the new CIF has been updated in CCDC.       Structure exp_14612 (CCDC 2349582): C107 H94  Au2 I2 N10 O8    These CheckCif A and B alerts are raised by  this structure:    230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for N6  --C100 . 15.7 s.u.    241_ALERT_2_B High 'MainMol' Ueq as Compared  to Neighbors of C92 Check    260_ALERT_2_B Large Average Ueq of Residue  Including C3AA 0.461 Check    315_ALERT_2_B Singly Bonded Carbon Detected  (H-atoms Missing). C39 Check    315_ALERT_2_B Singly Bonded Carbon Detected  (H-atoms Missing). C48 Check    315_ALERT_2_B Singly Bonded Carbon Detected  (H-atoms Missing). C52 Check    315_ALERT_2_B Singly Bonded Carbon Detected  (H-atoms Missing). C0AA Check    315_ALERT_2_B Singly Bonded Carbon Detected  (H-atoms Missing). C95 Check    780_ALERT_1_B Coordinates do not Form a  Properly Connected Set Please Do !    Respond: All the CheckCIF A and B alerts are solved in  the revised data set, and the new CIF has been updated in CCDC.

**exp_14612** (CCDC 2349582)    类似的评论也适用于此。我还建议对未连接的碳碎片使用溶剂掩模。有两个独立的分子，那么为什么这个分子式是基于Au2的呢？       回应：在修改的数据中，游离溶剂已进行合适的建模，分子式已修改为基于一个Au原子（C52H55AuIN5O4·0.25C6H14），新的CIF已在CCDC中更新。       结构exp_14612  (CCDC 2349582): C107 H94 Au2 I2 N10 O8    该结构中存在以下CheckCif  A和B警报：                                                             回应：在修改的数据中，所有CheckCif A和B警报均已解决，并将新的CIF在CCDC中更新。

上述第一条有关分子式基准的审稿意见可参阅推文“晶体数据审稿意见-分子式单元基准设置(Z'值或Z值设置)”，另外有关CheckCif A和B级警报的审稿意见，查看数据和验证报告，如图2–3所示，结构中末端长烷基链-CH(CH2CH2CH2CH3)2原子椭球明显异常，有很多碳原子未加氢（触发B级警报PLAT315——参阅推文“CheckCIF-PLAT314-315”），另外游离的正己烷处于离散状态（触发B级警报PLAT780——参阅推文“CheckCIF-PLAT780”），以上这些情况还出发了B级警报PLAT230（参阅推文“CheckCIF-PLAT230”）、PLAT241（参阅推文“CheckCIF-PLAT241”）和PLAT260（参阅推文“CheckCIF-PLAT260”）等。

▲图2 CCDC 2349582投稿状态

▲图3 CCDC 2349582投稿状态验证报告

对这些长烷基链和游离的正己烷溶剂进行适当的无序建模处理以及添加必要的限制，最终处理结果如图4所示，无AB级警报。

▲图4 CCDC 2349582发表状态

审稿意见

大意

**exp_4386_auto** (CCDC 2349583)       Despite reasonably good data, the R factors  are very high here. The residual density plot and Fractal Dimension Plot  (according to K. Meindl and J. Henn (2008), Acta Cryst. A64, 404-418) point  to serious problems. Also, the solvent mask is unreported.       I understand how tricky all of this can be --  but simply ignoring some major issues and not including any explanation in  the *_special_details files of the CIF of providing any _vrf_ replies is not  an option. There is also nothing in the MS or the SI alerting the reader that  these structures are indicative in nature.       In the MS, please provide at least one  structural drawing showing ADPs of each structure. From these images, any  disorder should be visible -- and the nature of the actual molecule must be  easily discernible.       Thank you.       Structure exp_4386_auto (CCDC 2349583): C57  H57 Au F6 N7 O4 P    These CheckCif A and B alerts are raised by  this structure:    315_ALERT_2_B Singly Bonded Carbon Detected  (H-atoms Missing). C29 Check    315_ALERT_2_B Singly Bonded Carbon Detected  (H-atoms Missing). C42 Check    342_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C Bonds  ............... 0.04961 Ang.    987_ALERT_1_B The Flack x is >> 0 - Do  a BASF/TWIN Refinement Please Check    Respond: Most of the CheckCIF A and B alerts are solved  in the revised data set, and the new CIF has been updated in CCDC.

**exp_4386_auto** (CCDC 2349583)       尽管数据相当好，但R因子非常高。残余密度图和分形维数图（根据K. Meindl和J. Henn（2008），Acta Cryst. A6404-418）指出了严重的问题。此外，溶剂遮掩也未报道。          我理解这一切可能有多棘手——但简单地忽略一些主要问题，不在CIF的*_special_details文件中包括提供任何_vrf_回复的任何解释是不可取的。在正文或支持信息中也没有任何内容提醒读者这些结构本质上是指示性的。          在正文中，晶体结构图应显示原子各向异性位移参数，这些图可以看出无序，而且实际分子的性质容易辨别。          谢谢。       Structure exp_4386_auto (CCDC 2349583):  C57 H57 Au F6 N7 O4 P    该结构中存在以下CheckCif  A和B警报：                               回应：大多数CheckCif  A和B警报均已解决，新的CIF已在CCDC中更新。

该结构情况和验证报告如图5–6所示，存在一些无序，金属附近残余峰很不正常，因为原始衍射图像文件缺失，因此只能在此数据上进行一些修补工作。

▲图5 CCDC 2349583投稿状态

▲图6 CCDC 2349583投稿状态验证报告

将原来的很多较强限制指令删掉，然后对整个配体做了二组分无序，最终处理结果如图7所示。

▲图7 CCDC 2349583发表状态

具体处理过程可参看以下视频：

晶体数据审稿意见-B级警报处理(大量无序)：https://www.bilibili.com/video/BV1hn4y1X7fU

如需论文文档和已发表CIF文件，请从以下链接下载：

（1）

链接：https://pan.quark.cn/s/0d7ed146ba6c

提取码：Mecp

（2）

链接：https://pan.baidu.com/s/1NZFhI5P7SOppcHL_If-zWw

提取码：imnq

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and **ysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.

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