Diamond基础-双色键设置

DJ_Tokyo

Diamond基础-双色键设置

最近，有小伙伴在小红书中笔者某个Diamond[1]视频下留言如图1所示问题，即Diamond中如何将键设置为双色键——即键的颜色为组成该键的两个原子的颜色组成双色键。

▲图1 问题描述

以Olex2[2]内置数据Co110[3]（CCDC[4] 196311）为例，用Diamond打开其CIF[5]文件，并导航至Picture>>Bond and Contact Designs，如图2所示。

▲图2 Picture>>Bond andContact Designs

在弹出的BondGroup Designs对话框中，在左侧列表中选择某类键，然后在右侧Style and Colors>>Style下拉菜单中选择“Thin, two-colored”或者“Thick, two-colored”，如图3所示。

▲图3 设置双色键

两种结果如图4‒5所示。

▲图3 Thin, two-colored效果

▲图4 Thick, two-colored效果

需要注意Border的颜色，如果Border设置了颜色，例如黑色，则在键上会有黑色轮廓，如图5所示。

▲图5 键上的黑色轮廓

如果在画布中直接在某个键上单击鼠标右键，在右键菜单中Edit展开栏中有一个Bond Designs，如图6所示。

▲图6 右键>>Edit>>Bond Designs

此种方法仅对所选的键进行修改，如图7所示。

▲图7 对单个键设置双色键

视频操作演示请参阅：

Diamond基础-双色键设置：https://www.bilibili.com/video/BV1STRcYbEvY

参考文献

[1]    Brandenburg, K.;Putz, H. DIAMOND – Visual Crystal Structure Information System.Ver. 4.6.1; Crystal Impact: Bonn, Germany, 2019.

[2]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and **ysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[3]    Congreve, A.;Kataky, R.; Knell, M.; Parker, D.; Puschmann, H.; Senanayake, K.; Wylie, L.Examination of Cobalt, Nickel, Copper and Zinc(ii) Complex Geometry and BindingAffinity in Aqueous Media Using Simple Pyridylsulfonamide Ligands. New J. Chem. 2003, 27, 98–106. DOI: 10.1039/B206279H.

[4]    (a) Allen, F. H.The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million Crystal Structuresand Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI:10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[5]    (a) Hall, S. R.;Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): A NewStandard Archive File for Crystallography. ActaCryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

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