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★声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中难免存在疏漏谬误，请不吝指正。 CheckCIF-Olex2的bug导致无法CheckCIF 最近，在布鲁克晶体交流群中，有一位老师遇到这样一个情况，一个晶体数据的CIF [1]文件，可以用PLATON [2]正常得到CheckCIF验证报告，如图1所示，但是网页版无法给出CheckCIF验证报告，一直卡在图2界面。 ▲图1 问题描述 ▲图2 验证界面 群里各位成员围绕该问题原因和解决方案纷纷进行猜测和建言献策，不过该老师把能尝试的方法都尝试过了，还是无法解决，如图3所示。 ▲图3 讨论 次日，该老师找到了问题原因，并公布在群里以供参考，如图4所示，原来是使用Olex2 [3]作为图形用户界面进行精修，其产生的CIF文件中嵌入的hkl文件（参阅推文“Olex2基操-CIF中以何种形式嵌入hkl”）中添加了NUL标识符，如图5所示，而该标识符用Windows自带的记事本打开是隐藏状态，需用NOTEPAD打开才能看到，删除所有NUL标识符即可正常在网页端进行CheckCIF，并且该老师已将该bug报告给Olex2官方，可能过段时间就会修复该bug。 ▲图4 原因和解决方案 ▲图5 NUL标识符 某些特殊情况下会产生上述问题，如图6所示，通常情况下不会有该问题，如果出现类似图2问题，可以用NOTEPAD查看CIF文件，是否存在NUL标识符。 ▲图6 讨论 致谢 感谢布鲁克晶体交流群里各位老师分享和建言献策，令笔者不断拓宽知识面。 参考文献 [1] (a) Hall, S. R.;Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): A NewStandard Archive File for Crystallography. ActaCryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005. [2] (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244. [3] Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.
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