原子非正定处理案例6(CAP调整mu和r乘积)

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原子非正定处理案例6(CAP调整mu和r乘积)

案例来源：碳酸镉，Cadmiumcarbonate, CdCO3. CAS:513-78-0. CCDC [1]: 2589924. DOI [2]: 10.5517/ccdc.csd.cc2sy0yq.

按照推文“理学单晶数据还原操作步骤”利用CrysAlisPro（CAP） [3]进行数据还原，随后利用Olex2 [4]作为图形用户界面（GUI, Graphical User Interface）调用SHELXT [5]进行结构解析，调用SHELXL [6]进行结构精修，结果所有原子非正定（NPD, non-positive definite，参阅推文“原子非正定问题处理合集”），利用PLATON [7]进行结构验证，由非正定引发A级警报PLAT203（参阅推文“CheckCIF-PLAT203-210”）和PLAT211（参阅推文“CheckCIF-PLAT211-212”），如图1所示。

▲图1 正常还原解析结果

之前布鲁克的一个数据在推文“原子非正定处理案例1(吸收校正解决A级警报PLAT211和PLAT213)”中曾修改晶体吸收系数μ与晶体尺寸半径r之间的乘积μr（在APEX [8]软件中以mu*r表示）重新做吸收校正解决原子非正定问题，因此在CAP中同样可以，以上述案例为例，操作步骤如下：

>>步骤1：打开Finalize弹窗

在CAP软件右上角点击Data Reduction（或将鼠标悬停在Data Reduction处），在弹窗菜单中点击Finalize，如图2所示。

▲图2 Data Reduction>>Finalize

或者，在CAP软件界面左上角点击如图3所示红色箭头所指按钮（Inspect data reduction results and refinalize with usercorrections）。

▲图3 Inspect data reduction results and refinalize with usercorrections按钮

在弹出的对话框中，点击左下角的Refinalize按钮，如图4红色箭头所指。

▲图4 Refinalize按钮

>>步骤2：修改μr乘积值

经步骤1后，打开Finalize对话框，如图5所示，Corrections下默认是Empirical correction的Automated，此时点击Numerical absorption右侧的Sphere（红色箭头所指）。

▲图5 Finalize>>Corrections>>Empiricalcorrection>>Sphere

然后，界面展开如图6所示，点击Numerical absorption右侧的Advanced（高级）按钮（红色箭头所指）。

▲图6 Finalize>>Corrections>>Empiricalcorrection>>Manual>>Advanced

当前μr值为0.689，对应的等效半径为0.400 mm，如图7红色方框所示。

▲图7 当前μr值及等效半径

解析完成，分子式为CdCO3，此时打开CIF [9]文件，找到记录吸收吸收系数μ的条目_exptl_absorpt_coefficient_mu（参阅推文“CIF核心词典-EXPTL”），其μ值为74.537 mm–1，如图8所示。

▲图8 CIF中记录的吸收系数

该晶体尺寸大约为0.09 mm ×0.10 mm × 0.11 mm，半径r值可取0.10 mm的一半，即0.05 mm，则μr = 74.537 mm–1 × 0.05 mm = 3.72685，将其填入μr处，等效半径自动更新为2.1650 mm，如图9所示，然后点击该界面右下角的OK按钮。

▲图9 修改的μr值

然后，点击Finalize对话框右下角的OK按钮，如图10红色箭头所指。

▲图10 修改μr值后返回的Finalize界面

程序根据输入的μr进行Numerical absorption，然后弹出对话框让选择空间群，选择对应的空间群后，点击右下角OK按钮，如图11红色箭头所指。

▲图11 空间群选择

随后利用新的hkl文件进行精修，结果如图12所示，原子恢复成正常椭球形（即不再是非正定状态），A级警报PLAT203和PLAT211均消失。

▲图12 重新校正后的结果

相关视频：

单晶结构解析练习795(CAP数据还原-非预期结构-非正定)：https://www.bilibili.com/video/BV1RhaP6JEi2

相关阅读：

推文：

1.        原子非正定处理案例1(孪晶)

2.        原子非正定处理案例1(吸收校正解决A级警报PLAT211和PLAT213)

3.        原子非正定处理案例2(A级警报PLAT211)

4.        原子非正定处理案例3(无序)

5.        原子非正定处理案例4(测试晶体大小)

6.        原子非正定处理案例5(测试时切割晶体)

7.        保存原始衍射图像重要性案例4(原子非正定-孪晶)

视频：

1.        原子非正定案例1：https://www.bilibili.com/video/BV1Qi421d78A

2.        单晶结构解析练习389(文献案例-无序处理-非正定)：https://www.bilibili.com/video/BV1SgrEYVE4V

3.        保存原始衍射图像重要性案例4(原子非正定-孪晶)：https://www.bilibili.com/video/BV1je9KYpEvS

4.        单晶结构解析练习606(非正定-AB级警报处理)：https://www.bilibili.com/video/BV1cmTpzNE3s

5.        原子非正定处理案例3(无序)：https://www.bilibili.com/video/BV1ytMez6EtC

参考文献

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