Olex2中使用SHELXT解析结构时原文件和解析结果文件所在位置

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Olex2中使用SHELXT解析结构时原文件和解析结果文件所在位置

案例来源：CCDC [1]: 2476439. DOI [2]:10.5517/ccdc.csd.cc2p3y4x. (Chem. Sci. 2026, 17,1158–1166. DOI: 10.1039/d5sc06333g.)

案例结构如图1所示（由ChemBioDraw [3]绘制）。

▲图1 案例结构

数据文件如图2所示。

▲图2 数据文件

笔者以Olex2 [4]作为用户图形界面（GUI, Graphical User Interface），将ins文件（YYW-A21-2-RAC.ins）拖拽入Olex2，然后展开Work选项卡下的Solve栏，在Program（程序）处选择ShelXT [5]作为结构解析程序，如图3蓝色方框，在Composition（组成）处输入元素，如图3红色方框，然后点击Solve按钮进行解析，如图3红色箭头所指。

▲图3 选择解析程序，输入元素，点击Solve进行解析

经过4.458秒后，给出五个解析解，如图4–8所示。

▲图4 空间群Pna21结果

▲图5 空间群Pmn21结果（c' =c）

▲图6 空间群Pmm2结果

▲图7 空间群Pma2结果（c' = b）

▲图8 空间群Pmn21结果（c' =a）

汇总如下表：

	初始数据	解析解1	解析解2	解析解3	解析解4	解析解5
空间群	Pnma	Pna21	Pmn21	Pmm2	Pma2	Pmn21
a / Å	8.2468(6)	8.2468(6)	8.8197(8)	8.2468(6)	8.2468(6)	8.8197(8)
b / Å	8.8197(8)	8.8197(8)	8.2468(6)	8.8197(8)	20.448(2)	20.448(2)
c / Å	20.448(2)	20.448(2)	20.448(2)	20.448(2)	8.8197(8)	8.2468(6)
分辨率 / Å	0.71	0.36	0.71	0.67	0.67	0.71
信噪比	10.0	8.9	9.3	9.2	8.9	8.9
Rint	8.85%	8.38%	8.00%	8.10%	8.09%	8.09%
完整度	99.7%	61.2%	99.7%	99.7%	99.7%	99.5%

在olex2文件夹（该文件夹可能为隐藏文件夹）中的temp子文件夹里面可以找到这五个解析解的hkl和res文件，以英文字母后缀a、b、c、d和e区分，如图9所示蓝色方框所示，其顶部不带英文字母后缀的hkl和ins文件为Olex2保存的初始文件。

▲图9 原始文件和ShelXT解析结果文件

此时如果打开根目录下的ins文件，则空间群仍然是Pnma，但是hkl文件由于ShelXT程序解析后，可能发生了矩阵变换，导致其分辨率、信噪比、Rint和完整度都发生了改变，如图10所示，因此，如果在使用ShelXT程序进行结构解析之前没有对文件进行备份的话，那就需要使用Olex2软件保存在olex2文件夹中的temp子文件夹里面的原始hkl和ins文件重新进行解析。

▲图10 解析后根目录下ins文件和hkl文件不对应的结果

相关视频：

单晶结构解析练习793(文献案例-无序处理-SHELXT解析结果文件位置)：https://www.bilibili.com/video/BV1pohn6CEDL

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论文PDF+CIF：

链接:https://pan.baidu.com/s/1FpLkPQGLviYfHjXADW-nhw?pwd=gy28

提取码: gy28

晶体数据：

链接:https://pan.baidu.com/s/1u_YfMwToVIaRg8Thq0m77w?pwd=un4f

提取码: un4f

参考文献

[1]    (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI:10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[2]    (a)International Organization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html

[3]    (a)Klein, F. M. CS ChemDraw Pro,1 Version 3.1 for Windows. J. Chem. Inf. Comput.Sci. 1995, 35, 166–167. DOI: 10.1021/ci00023a026. (b)Cousins, K. R. ChemDraw 6.0 Ultra CambridgeSoft Corporation, 100 Cambridge ParkDrive, Cambridge, MA 02140. http://www.camsoft.com. Commercial Price:  $1395.Academic Price:  $699. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10257–10258. DOI: 10.1021/ja0047572.(c) Buntrock, R. E. ChemOffice Ultra 7.0. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1505–1506. DOI: 10.1021/ci025575p. (d) Li, Z.; Wan, H.; Shi, Y.;Ouyang, P. Personal Experience with Four Kinds of Chemical Structure DrawingSoftware: Review on ChemDraw, ChemWindow, ISIS/Draw, and ChemSketch. J. Chem.Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 1886–1890. DOI: 10.1021/ci049794h.(e) Mendelsohn, L. D. ChemDraw8 Ultra, Windows and Macintosh Versions. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 2225–2226. DOI: 10.1021/ci040123t. (f) Cousins, K. R. ChemDrawUltra 9.0. CambridgeSoft, 100 CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. See Web site for pricing options. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4115–4116. DOI:10.1021/ja0410237. (g) Zielesny, A. Chemistry Software PackageChemOffice Ultra 2005. J. Chem. Inf.Model. 2005, 45, 1474–1477. DOI:10.1021/ci050273j. (h) Mills, N. ChemDraw Ultra 10.0 CambridgeSoft, 100CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. CommercialPrice:  $1910 for download, $2150 for CD-ROM; Academic Price:  $710 fordownload, $800 for CD-ROM. J. Am. Chem.Soc. 2006, 128, 13649–13650. DOI: 10.1021/ja0697875. (i) Kerwin, S. M.ChemBioOffice Ultra 2010 Suite. J. Am. Chem.Soc. 2010, 132, 2466–2467. DOI: 10.1021/ja1005306. (j) Milne, G. W. A. SoftwareReview of ChemBioDraw 12.0. J. Chem. Inf.Model. 2010, 50, 2053. DOI:10.1021/ci100385n. (k) Narayanaswamy, V. K.; Rissdörfer, M.; Odhav, B.Review on CambridgeSoft ChemBioDraw Ultra 13.0v. Int. J. Theor. Appl. Sci. 2013,5, 43–49.

[4]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[5]    Sheldrick,G. M. SHELXT – Integrated Space-Groupand Crystal Structure Determination. ActaCryst. 2015, A71, 3–8. DOI:10.1107/S2053273314026370.