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★声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中难免存在疏漏谬误，请不吝指正。 晶体数据还原示例55(空间群) 案例来源：CAS:5315-79-7. CCDC [1]: 2519809. DOI [2]: 10.5517/ccdc.csd.cc2ql25l. (CrystEngComm2019, 21, 1701–1717. DOI: 10.1039/c8ce02130a.) 其结构如图1所示（由ChemBioDraw [3]绘制）。 ▲图1 案例结构 按照默认设置还原，是正交mmm点群，如图2所示（由CrysAlisPro[4]呈现）。 ▲图2 默认设置还原程序所选点群 还原完成后，程序判定为正交晶系第17号空间群P2221，如图3所示。 ▲图3 程序判定的空间群结果 经SHELXT [5]解析，结果为正交晶系第19号空间群P212121，如图4所示（由Olex2[6]呈现），Rint = 5.12%，R1 = 14.62%，wR2 = 37.91%，PLATON [7]验证报告显示有两个B级警报PLAT084（参阅推文“CheckCIF-PLAT084”）和PLAT340（参阅推文“CheckCIF-PLAT340”），此外主体结构上的羟基存在位置无序，并且很多碳原子的原子椭球严重形变拉长。 ▲图4 按程序默认还原结果解析结果 Rint很低，但是R1和wR2却很高，怀疑是不是孪晶，但是PLATON/TwinRotMat未检测到孪晶法则，如图5所示，而且倒易空间点阵排列整齐，如图6–8所示，看来不是孪晶。 ▲图5 PLATON/TwinRotMat检测结果 ▲图6 倒易空间点阵a*方向 ▲图7 倒易空间点阵b*方向 ▲图8 倒易空间点阵c*方向 在CCDC数据库中检索发现，该结构已有发表，如图9所示。 ▲图9 CCDC数据库中发表的案例结构 查看其晶胞参数，发现案例结构晶胞参数与该发表数据晶胞参数相同，不过该发表的数据是单斜晶系第4号空间群P21，如图10所示。 ▲图10 已发表数据晶胞参数 返回CrysAlisPro，在界面右侧点击Data Reduction下的“SPACE GROUP DESCRIPTOR”，如图11所示。 ▲图11 Data Reduction>>SPACE GROUP DESCRIPTOR 在弹出的对话框中“Spacegroup and AutoChem”下选择Interactive，如图12红色箭头所指，随后点击右下角OK按钮。 ▲图12 Space group and AutoChem>>Interactive 重新进入确定空间群的界面，在Lattice界面将程序默认选择的Orthorhombic P改为R(int)最低（0.036）的Monoclinic P，如图13所示。 ▲图13 修改Lattice选项 在SpaceGroup这一步将程序默认选择的P2(1)/m改为P2(1)，如图14所示。 ▲图14 修改Space Group选项 结果如图15所示，不对称单元ASU（Asymmetric Unit）中包含两个分子，Rint = 2.53%，R1 = 8.91%，wR2 = 23.00%，此外，碳原子椭球不再形变拉长严重，但与Rint相比，R1和wR2还是过高，另外就是从差值电子密度图来看，羟基似乎还存在无序。 ▲图15 按照P21空间群解析结果 查看已发表数据，发现其R1 = 4.58%，此外还提到了孪晶信息，如图16红色箭头所指。 ▲图16 已发表数据信息 此时运行PLATON/TwinRotMat，找到一个孪晶法则，如图17所示。 ▲图17 PLAT/TwinRotMat检测到的孪晶法则 将该孪晶法则加入精修，结果如图18所示，R1 = 4.54%，wR2 = 12.30%，差值电子密度图不再有羟基无序位置提示，而且碳原子椭球更加正常，置于完整度，则显然是数据收集的问题，预实验时判定为正交晶系，而实际是单斜晶系，导致收集的数据不够，造成数据完整度不够。 ▲图18 最终数据结果 相关视频： 单晶结构解析练习727(数据还原-非预期结构-空间群)：https://www.bilibili.com/video/BV1m5zUByEFj 参考文献 [1] (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI: 10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2. [2] (a)International Organization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System. http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System. https://www.iso.org/standard/81599.html[3] (a)Klein, F. M. CS ChemDraw Pro,1 Version 3.1 for Windows. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1995, 35, 166–167. DOI: 10.1021/ci00023a026. (b)Cousins, K. R. ChemDraw 6.0 Ultra CambridgeSoft Corporation, 100 Cambridge ParkDrive, Cambridge, MA 02140. http://www.camsoft.com. Commercial Price: $1395.Academic Price: $699. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10257–10258. DOI: 10.1021/ja0047572.(c) Buntrock, R. E. ChemOffice Ultra 7.0. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1505–1506. DOI: 10.1021/ci025575p. (d) Li, Z.; Wan, H.; Shi, Y.;Ouyang, P. Personal Experience with Four Kinds of Chemical Structure DrawingSoftware: Review on ChemDraw, ChemWindow, ISIS/Draw, and ChemSketch. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 1886–1890. DOI: 10.1021/ci049794h.(e) Mendelsohn, L. D. ChemDraw8 Ultra, Windows and Macintosh Versions. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 2225–2226. DOI: 10.1021/ci040123t. (f) Cousins, K. R. ChemDrawUltra 9.0. CambridgeSoft, 100 CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. See Web site for pricing options. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4115–4116. DOI:10.1021/ja0410237. (g) Zielesny, A. Chemistry Software PackageChemOffice Ultra 2005. J. Chem. Inf.Model. 2005, 45, 1474–1477. DOI:10.1021/ci050273j. (h) Mills, N. ChemDraw Ultra 10.0 CambridgeSoft, 100CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. CommercialPrice: $1910 for download, $2150 for CD-ROM; Academic Price: $710 fordownload, $800 for CD-ROM. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13649–13650. DOI: 10.1021/ja0697875. (i) Kerwin, S. M.ChemBioOffice Ultra 2010 Suite. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 2466–2467. DOI: 10.1021/ja1005306. (j) Milne, G. W. A. SoftwareReview of ChemBioDraw 12.0. J. Chem. Inf.Model. 2010, 50, 2053. DOI:10.1021/ci100385n. (k) Narayanaswamy, V. K.; Rissdörfer, M.; Odhav, B.Review on CambridgeSoft ChemBioDraw Ultra 13.0v. Int. J. Theor. Appl. Sci. 2013, 5, 43–49. [4] RigakuOxford Diffraction, (2025), CrysAlisPro Software System, version1.171.44.91a, Rigaku Corporation, Wroclaw, Poland. [5] Sheldrick,G. M. SHELXT – Integrated Space-Groupand Crystal Structure Determination. ActaCryst. 2015, A71, 3–8. DOI:10.1107/S2053273314026370. [6] Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726. [7] (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.
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