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[单晶XRD] 晶体测试案例129(手性化合物-铜靶-超薄晶体)

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发表于 昨天 08:08 | 查看全部 |阅读模式
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中难免存在疏漏谬误,请不吝指正。
晶体测试案例129(手性化合物-铜靶-超薄晶体)
>>样品准备
最近,同单位某课题组同学委托笔者帮忙测试一个含CHNO元素的手性有机化合物晶体,该晶体在样品瓶中用翻口塞封口,插一个针头挥发结晶,在瓶底析出无色针状晶簇,如1所示。
1 待测晶体
从中捞出部分晶体置于载玻片上用二甲基硅油(PDMS, polydimethylsiloxane/Dimethicone, CAS: 9006-65-9)包裹并在偏光显微镜下观察,如2所示(左侧为亮场,右侧为暗场),用粉刺针切割、清洗并扒拉出合适的晶体(红色箭头所指)进行测试。
2 晶体切割与挑选
>>晶体尺寸测量
晶体尺寸经测量为0.088 × 0.176× 0.238 mm3,如3‒5所示(由APEX6 [1]呈现),最小尺寸不足其他尺寸的二分之一,可描述为片状(plate)晶体参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致:https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。
3 晶体尺寸测量
4 晶体尺寸测量
5 晶体尺寸测量
在晶体对心时,可顺便拍摄晶体照片(参阅推文“D8 Venture衍射仪拍摄晶体照片”)保存,可作为论文插图,如6所示。
6 仪器拍摄的晶体照片
>>预实验
点击Collect下的Run Experiment,然后在右侧界面第一行选择辐射光源,在第二行第一列下拉菜单中选择Fast Scan,设置好Fast Scan参数(曝光时间2.000秒,步长1.000°)后,点击右下角Validate验证操作有效性,完成后点击右下角Execute执行即可,如7所示。
7 设置Fast Scan实验
衍射图如8所示,共收集180帧衍射图,其中103帧过曝,占比约57%,其衍射图如9所示,利用这180帧衍射图进行数据还原解析,结果如10所示(由Olex2[2]呈现),确定其正交晶系第19号空间群P212121(手性空间群),最大晶轴约21 Å
8 预实验测试情况
9 预实验衍射图
10 预实验结果
预实验已知最大晶轴约为21 Å,为避免出现B级警报PLAT910(参阅推文“CheckCIF-PLAT910”),将探测器与晶体之间的距离由默认的40.00 mm增大为60.0 mm(参阅推文“CheckCIF-B级警报PLAT910解决示例”“晶体测试案例20(B级警报PLAT910)”),分辨率选择High 0.80 Å,手性化合物,Orthorhombic P晶格,对称性选择222,计算得到的策略为14轮数据,其中前2轮为Fast Scan(第2Fast Scan添加了衰减),曝光时间为1秒,步长为1.00°,其他10轮曝光时间为1.0秒,步长为0.50°,预计总时长为52分钟,如11所示。
11 初始数据收集策略
如下调整:将fastscan曝光时间改为10秒,其他10轮数据曝光时间按照设置,低10秒,高20秒,步长改为2.00°,总时长变为4小时1分钟,如12–13所示。
12 调整后数据收集策略
13 最终数据收集策略
实际测试耗费近4小时18分钟(比预计的多了17分钟),如14所示,共收集1051帧衍射图,其中158帧过曝,占比约15%,总大小为1.59 GB
14 实际测试情况
其衍射图如15–17所示。
15 衍射图(run 1, Fast Scan, 10秒曝光,无衰减)
16 衍射图(run 2, Fast Scan, 10秒曝光,衰减)
17 衍射图(run 3, Omega Scan, 20秒曝光)
测完后,数据最终结果如18所示,无AB级警报。
18 最终结果
参考文献
[1]    Bruker (2024). APEX6 (Version 2025.6-0). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.
[2]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

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