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★声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中难免存在疏漏谬误,请不吝指正。 原子非正定处理案例5(测试时切割晶体) 最近,有小伙伴找笔者帮忙解析晶体结构,如图1所示。 ▲图1 求助解析 结构能够解析出来,但如图2所示(由Olex2 [1]呈现),原子都是非正定(Olex2中非正定原子以正四面体表示)。 ▲图2 数据情况 后来该小伙伴重新测试的时候,把棒状晶体切小,得到的数据就正常了,如图3–4所示。 ▲图3 讨论交流 ▲图4 正常数据(原子呈正常椭球状) 该结构中含有较多重原子,因此对X射线吸收效应大(参阅推文“重原子周围残余峰问题1(晶体测试光源选择)”),而第一次测试时,选用的棒状晶体,长宽高三个维度各向异性差异巨大,因此重新测试时对晶体进行切割,使晶体外形三个维度趋于相似(晶体外形向球体靠拢,实际上单晶仪配备的标准晶体就是打磨成球体,一颗镖晶数万元),此时长宽高三个维度各向异性差异不再显著,故而测试所得数据合理,原子不再呈非正定状态。 参考文献 [1] Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.
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