Rint降低-重新还原案例1(保留原始衍射照片的重要性)

DJ_Tokyo

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Rint降低-重新还原案例1(保留原始衍射照片的重要性)

最近，有小伙伴找笔者解析晶体结构，并发来了对方在测试机构测试后机构所发的文件“.abs”“.ls”“.hkl”“.p4p”和“.raw”等五个文件（出于数据保密，将文件名称改为“Tokyo”），如图1所示。

▲图1 诉求和文件

将“.p4p”文件拖入Olex2 [1]，Olex2软件读取“.p4p”文件并创建一个同名“.ins”文件，Olex2打开这个“.ins”文件，如图2所示，当前为三斜晶系第2号空间群Pī，晶胞参数三个角度均接近90°，Rint = 9.45%。

▲图2 数据初始情况

打开XPREP [2]，如图3所示，仍然选择的是三斜。

▲图3 XPREP寻找更高公制对称性结果

于是就在当前空间群下调用SHELXT[3]进行初始结构解析，解析结果为三斜晶系第1号空间群P1，不对称单元ASU（asymmetric unit）中有四个相同的结构片段，PLATON [4]验证报告如图4所示，B级警报PLAT112（参阅推文“CheckCIF-PLAT112”）和PLAT113（参阅推文“CheckCIF-PLAT113”）表明正确空间群应为正交晶系第19号空间群P212121。

▲图4 验证报告

利用PLATON升空间群后，结果如图5所示，Rint = 24.25%，由此触发了B级警报PLAT020（参阅推文“CheckCIF-PLAT020”）。

▲图5 升空间群结果

于是将情况反馈给对方，让对方重新还原，或者将原始衍射照片文件发来由笔者进行重新还原，如图6所示。

▲图6 反馈情况

最后，对方从测试机构处要来了原始衍射照片文件，32轮数据5152帧衍射照片（“.sfrm”文件），总大小3.82 GB，对方将其压缩为2.33 GB“.rar”文件并通过邮箱发给笔者，笔者拿到数据后，解压，用APEX4 [5]进行数据还原，在Bravais Lattice步骤遵循程序默认选择的Orthorhombic P选项，如图7所示。

▲图7 布拉菲晶格选择

32轮数据5152帧衍射照片，数据还原耗时6分钟，结构解析和精修则耗时不到1分钟，结果如图8所示，按正确对称性还原（参阅推文“Rint降低-正确对称性还原”）后，Rint = 9.95%，没有AB级警报。

▲图8 重新还原结果

参考文献

[1]   Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[2]   Bruker(2014). XPREP (Version 2014/2), Program for Space Group Determination.Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[3]  Sheldrick,G. M. SHELXT – Integrated Space-Groupand Crystal Structure Determination. ActaCryst. 2015, A71, 3–8. DOI:10.1107/S2053273314026370.

[4]   (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

[5]   Bruker(2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.