滑移堆积图绘制(文献案例)

DJ_Tokyo

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滑移堆积图绘制(文献案例)

如图1所示，最近，在小红书上有小伙伴询问如何绘制滑移堆积图。

▲图1 问题描述

并发来了示意图和文献“Adv.Healthcare Mater. 2025,14, 2404322. DOI [1]: 10.1002/adhm.202404322.”，如图2所示。

▲图2 滑移堆积图示意图

本文以上图左侧结构为例，根据CCDC[2]存储号2386554从CCDC官网下载其CIF [3]文件2386554.cif，首先是测量C-H···O相互作用中H和O之间的距离，以及π-π堆积相互作用距离dπ-π（两个平面之间的距离），笔者使用Olex2 [4]来测量这些距离，用Olex2打开2386554.cif，如图3所示。

▲图3 用Olex2打开2386554.cif

如图4所示，选择C-H···O相互作用中氢原子H34A和氧原子O2，然后在软件左下角命令行输入命令“sel”并回车，软件背景给出H···O距离为2.823 Å（或者选择两个原子后，将鼠标光标悬停在其中一个原子上，数秒后会弹出一个信息框显示两个原子之间的距离），文献图中保留2位小数，即为2.82 Å，按相同方法测得另一个C-H···O相互作用中氢原子H37A和氧原子O1之间的距离为2.59 Å，如图5所示。

▲图4 用Olex2测量C-H···O相互作用中氢原子和氧原子之间的距离

▲图5 用Olex2测量C-H···O相互作用中氢原子和氧原子之间的距离

选择整个芳环中12个原子，然后在界面左下角命令行输入命令“mpln”，如图6所示。

▲图6 选择原子并输入命令“mpln”

回车后，Olex2将创建一个穿过所选12个原子的平面，并在背景给出平面的相关信息，如图7所示。按照相同方法创建第二个平面，如图8所示。

▲图7 创建第一个平面

▲图8 创建第二个平面

随后，选择两个平面（鼠标左键单击平面），然后在软件左下角命令去输入命令“sel”并回车，软件背景给出两个平面之间的相关信息（或者选择两个平面后，将鼠标光标悬停在其中一个平面上，数秒后弹出一个信息框给出相同信息），如图9所示，平面之间的距离取其中一个平面质心到另一个平面之间的距离，其一为3.475 Å，另一个为-3.471 Å（正负号表示方向，取绝对值即可），文献中取前者并保留2位小数，即为3.48 Å。

▲图9 测量平面之间距离

通过上述测量步骤，得到所需距离数据后，接下来是绘图，观察文献中绘制的示意图，从结构图风格可以判断，结构图由Mercury [5]绘制，示意图中表示π-π堆积相互作用距离dπ-π的蓝色双箭头明显是Microsoft PowerPoint绘制的，因此利用Mercury绘制结构框架并导出结构图，将结构图导入Microsoft PowerPoint，添加蓝色双箭头和距离信息，最后再导出图片作为论文插图即可。

首先，用Mercury打开2386554.cif文件，如图10所示。

▲图10 Mercury打开2386554.cif文件

从PickingMode下拉菜单中选择MeasureDistances，如图11所示。

▲图11 Picking Mode>>Measure Distances

点击C-H···O相互作用中氢原子和氧原子，得到相应的虚线（黑色），如图12所示。

▲图12 原子之间距离虚线

将鼠标光标悬停在虚线上，右键单击并从产生的下拉菜单中选择Labels和Hidelabel来隐藏距离信息，仅保留虚线，如图13所示。

▲图13 Labels>>Hide label

将鼠标光标悬停在虚线上，右键单击并从产生的下拉菜单中选择Colours并选择适当颜色来修改虚线颜色，如图14所示。

▲图14 修改虚线颜色

将Style设置为Capped Sticks，将Manage Styles设置为Publication，结果如图15所示。

▲图15 结构样式设置

将鼠标光标悬停在虚线上，右键单击并从产生的下拉菜单中选择Styles和Stick可以让虚线变粗，如图16所示。

▲图16 Styles>>Stick

将Mercury导出的图片导入Microsoft PowerPoint，然后添加形状和数值即可，如图17所示。

▲图17 最终成品

视频操作演示请参阅：

滑移堆积图绘制(文献案例)：https://www.bilibili.com/video/BV1bSCzBeE15

论文PDF和晶体数据CIF文件可从以下链接下载：

链接:https://pan.baidu.com/s/1MjdI7pa2ya-XDjA7IH1IeA?pwd=6k54

提取码: 6k54

参考文献

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