解密-氢原子无序示例3(四氮唑)

DJ_Tokyo

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解密-氢原子无序示例3(四氮唑)

该晶体是2024年3月22日推文“氢原子无序示例3(四氮唑)”所诉案例，如今已发表SCI论文，现解密如下。

论文：J. Mol.Struct.2025, 1347, 143289. DOI [1]: 10.1016/j.molstruc.2025.143289.

最近，沈阳某高校友友求助处理一个晶体数据，诉求如图1所示。

▲图1 求助诉求

问题涉及的基团为四氮唑，如图2所示，其完整结构（CAS: 947331-05-7,CCDC [2]: 2342141, DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2jm5y9,系统命名：((isopropoxycarbonyl)oxy)methyl1-((2'-(1H-tetrazol-5-yl)-[1,1'-biphenyl]-4-yl)methyl)-2-butyl-4-chloro-1H-imidazole-5-carboxylate）如图3所示。

▲图2 四氮唑

▲图3 案例结构

发现两边的N原子附近均有较大残余峰，如图4所示（由Olex2 [3]呈现）。

▲图4 N原子附近残余峰

很显然，N上的氢存在无序，可以理解为共振式造成的无序，也可以理解为单键旋转造成的无序，如图5所示。

▲图5 无序可能原因

无论做哪种理解，总之该氢原子存在两个位置的可能，因此将Q1和Q2均定为氢，并使用自由变量对其占有率进行精修，最终两个氢原子位置可能的比例约为43%（N1上）和57%（N4上），如图6所示。

▲图6 氢原子无序精修结果

相关视频：

单晶结构解析练习703(文献案例-异丙基碳酸酯无序处理-氢原子无序)：

数据下载：

链接:https://pan.baidu.com/s/1v2hO5Hdz19Otwrbea7FayQ?pwd=ik3g

提取码: ik3g

参考文献

[1]    (a) International Organization forStandardization (2012). ISO 26324:2012. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html

[2]    (a) Allen, F. H. The Cambridge StructuralDatabase: A Quarter of a Million Crystal Structures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI: 10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.;Bruno, I. J.; Lightfoot, M. P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI: 10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.;Robertson, J. H.; Raithby, P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC).Comprehensive Coordination Chemistry III2021, 413–437. DOI: 10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[3]    Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R.J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2:A complete structure solution, refinement and analysis program. J. Appl. Cryst.2009, 42, 339–341.