期刊主页晶体数据附件下载案例1

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期刊论文主页晶体数据附件下载案例1

文本以期刊杂志《分子结构》（Journalof Molecular Structure）一篇论文“J. Mol. Struct. 2014, 1078, 133–145. DOI[1]: 10.1016/j.molstruc.2013.10.061.”为例，介绍在其论文主页下载晶体数据步骤。

在论文主页左侧列表点击“AppendixA. Supplementary material”（附录A：补充材料），如图1红色箭头所指。

▲图1 Appendix A. Supplementary material超链接

页面定位到“AppendixA. Supplementary material”，如图2所示，列表中“Supplementary data 1”（20 KB）和“Supplementary data 2”（13 KB）即为该论文在期刊论文主页以附件形式提供的晶体数据文件，点击上方“Download: Download text file (20KB)”和“Download: Download text file (13KB)”即可下载。在下方有个灰色矩形背景信息框，则给出了论文中晶体数据的CCDC[2]存储号，点击该超链接将进入CCDC数据库晶体数据下载页面（不是本文讨论内容）。

▲图2 Appendix A. Supplementary material列表

下载得到的是两个文本文件，如图3所示。

▲图3 从论文主页下载得到的晶体数据文件

打开后，如图4所示，显然是CIF[3]文件。

▲图4 晶体数据文件内容

只需要将文件后缀名“.txt”改为“.cif”，即可使用晶体学相关软件打开文件，如图5所示，修改扩展名后，在弹出的提示框中点击“是”进行确认即可。

▲图5 修改文件扩展名

修改结果如图6所示，除了文件扩展名由“.txt”改为“.cif”外没有任何其他操作和改变。

▲图6 扩展名修改结果

此时可以用晶体学软件，如Olex2[4]，打开这些CIF文件查看结构，如图7所示。

▲图7 用Olex2打开下载的晶体数据文件

参考文献

[1]    (a)International Organization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html

[2]    (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI: 10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.

[3]    (a)Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File(CIF): A New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

[4]    Dolomanov,O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

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