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[单晶结构] DMF和DEF会为晶体结构带来什么

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发表于 2025-10-9 07:53:02 | 查看全部 |阅读模式
                              
DMFDEF会为晶体结构带来什么
  
DMF
  
DEF
N,N-dimethylformamide
N,N-diethylformamide
N,N-二甲基甲酰胺
N,N-二乙基甲酰胺
CAS:  68-12-2
CAS: 617-84-5
其结构如1所示(由ChemBioDraw[1]绘制)。
1 DMFDEF结构
在使用DMF作为反应溶剂或者结晶溶剂时,DMF作为完整结构参与构建晶体结构,可能作为共结晶溶剂,也可能作为与金属配位的配位溶剂,或者作为氢键受体
共结晶溶剂
例如论文“ACS Materials Lett. 2024, 6,3925‒3931. DOI[2]: 10.1021/acsmaterialslett.4c01150.”中如2所示,DMF作为反应溶剂,由羧酸配体(H4TCPE, tetra(4-carboxyphenyl)ethylene)、吡啶配体bpa1,2-bis(4-pyridine)ethynediyl)和六水合硝酸锌Zn(NO3)2·6H2O在硝酸和水存在下合成的金属有机框架MOFMetal–Organic Frameworks)结构CCDC[3] 2358424,该结构发表时做了溶解遮掩,不过结构解析中可以明显解出DMF(参阅视频“单晶结构解析练习270(数据还原-文献案例)https://www.bilibili.com/video/BV1eHDFYxER9”)。
2 CCDC 2358424合成反应式
数据下载:
提取码: 9s92
论文“Chin. J. Inorg. Chem. 2022, 38, 1499‒1511. DOI: 10.11862/cjic.2022.165.”中如3所示,DMF/MeOH作为反应溶剂,由酰胺配体H4L与六水合硝酸镧La(NO3)3·6H2O在三乙胺存在下反应得到的镧配位聚合物{[La(H2L)2]2[La2(H2L)2(DMF)5(H2O)]·2DMF·2H2O}nCCDC 2102079)中存在共结晶DMF4)(由Olex2[4]呈现)以及与金属镧配位的DMF5)。
3 CCDC 2102079合成反应式
4 CCDC 2102079晶体结构**结晶的DMF(红圈)
数据下载:
提取码: 3ub7
配位溶剂
5所示红圈均为与金属配位的DMF,该结构为3所示镧配位聚合物。
5 CCDC 2102079晶体结构中与金属配位的DMF(红圈)
6所示,DMF作为反应溶剂,由羧酸配体H4PTTA4,4',4'',4'''-(pyrene-1,3,6,8-tetrayl)tetrabenzoic acid)和硝酸锌反应,生成的MOF结构CCDC 2402563DOI: 10.5517/ccdc.csd.cc2ln21d),金属Zn上配位了DMF,见7
6 反应式
7 CCDC 2402563晶体结构中与金属配位的DMF(红框)
相关视频:
单晶结构解析练习299(数据还原-无序建模)https://www.bilibili.com/video/BV1TdUrY4EDR
数据下载:
提取码: 8x4j
氢键受体
3所示镧配位聚合物结构中,有一个共结晶的DMF作为镧上配位水的氢键受体,如8所示。
8 CCDC 2102079晶体结构**结晶的作为氢键受体的DMF(红圈)
除了上述DMF保持完整结构参与构建晶体结构外,DMF还常常在反应中产生分解产物,这些分解产物参与构建晶体结构。DMF可能会分解为甲酸(通常以甲酸根阴离子参与构建晶体结构)和二甲胺(通常以二甲胺阳离子参与构建晶体结构),当体系条件合适时,DMF分解产生的甲酸产生碳酸(通常以碳酸根阴离子参与构建晶体结构)。
9所示,DMF通常会水解为甲酸和二甲胺[5],在大多数晶体结构中,甲酸以甲酸根形式与金属成键,而二甲胺则通常以游离阳离子形式作为抗衡离子存在。甲酸能够以两种不同路径分解从而产生一氧化碳和水或者二氧化碳和氢气[6‒9],当介质的pH大于4时,有利于脱羧生成二氧化碳和氢气[9],在水性介质中,由水催化脱羧反应[6‒7]
9 DMF分解示意图
甲酸还可能发生如10所示的氧化分解(OxidativeDecomposition[6]
10 甲酸的氧化分解
同理,DEFN,N-DiethylformamideN,N-二乙基甲酰胺)会水解为甲酸和二乙胺,如11所示。
11 DEF水解
甲酸根阴离子
案例来源:CCDC 1843732‒1843733.J. Am. Chem. Soc. 2018, 140, 10915‒10920. DOI: 10.1021/jacs.8b06757.
12所示为其反应式,利用DMF分解产生的甲酸(正文Introduction描述“Anotherinteresting feature of formate as an organic linker is that it can beconveniently derived in situ from the hydrolysis of amide-based solvents suchas DMF or DEF during the solvothermal synthesis of MOFs.”)作为有机连接器合成ZF-2ZF-3,其晶体结构如13‒14所示。
12 ZF-2ZF-3合成步骤
13 ZF-2结构
14 ZF-3结构
二甲胺阳离子
案例来源:CCDC 2152395.Sci. Adv. 2022, 8, eade1383. DOI: 10.1126/sciadv.ade1383.
15所示为其反应式,溶剂体系含DMF,在结构中DMF分解产生的二甲胺阳离子作为抗衡离子存在,其晶体结构如16所示。
15 反应式
16 CCDC 2152395结构
案例来源:CCDC 2299307,2299310. Cryst. Growth Des. 2023, 23, 12, 9121‒9131. DOI: 10.1021/acs.cgd.3c01212.
17所示为其反应式,通过二苯乙烯二羧酸H2SDCstilbene dicarboxylic acid)和乙胺在DMF中于90 ℃下反应,并未得到(EtNH3)HSDC(EtNH3)2SDC,而是得到了(Me2NH2)HSDC,显然这其中的二甲胺阳离子来自DMF的分解,其晶体结构如18所示。
17 反应式
18 CCDC 2299307结构
二乙胺阳离子
案例来源:CCDC2373596. Chem. Commun. 2024, 60, 12754‒12757. DOI: 10.1039/d4cc04382k.
19所示为其反应式,反应中用到DEF作为溶剂,结构中DEF分解产生的二乙胺作为阳离子参与晶体结构的构建,如20所示。
19 反应式
20 CCDC 2373596结构
视频操作:
单晶结构解析练习294(文献案例-无序建模)https://www.bilibili.com/video/BV1YRUiYQEB7
数据下载:
提取码: su39
碳酸根阴离子
案例来源:CCDC 1032088.Inorg. Chem. 2015, 54, 1816–1821. DOI:10.1021/ic5027174.
21所示为其反应式,反应物为2-甲基-1H-咪唑(MIM)与六水合硝酸锌Zn(NO3)2·6H2O,溶剂为体积比10:1DMF/H2O混合液,反应温度为140 ℃高温,得到沸石咪唑酯骨架材料(Zeolitic imidazolate frameworks, ZIFs[Zn2(MIM)(CO3)],其晶体结构如22所示。
21 反应式
22 CCDC 1032088结构
从反应原料来看,恐怕首先想到结构中是硝酸根而不是碳酸根,作者使用ZnCl2作为锌源进行同样的反应,发现能够得到相同的结构,由此推断该结构片段为碳酸根而不是硝酸根,还有一点,当向反应中加入碳酸盐,可以将反应温度由140 ℃降为85 ℃,而如果是硝酸根,还会存在电荷不平衡问题,以上种种均表明该结构片段为碳酸根而不是硝酸根。
案例来源:CCDC 2297804.Molecules 2023, 28, 7908. DOI: 10.3390/molecules28237908.
23所示为其反应式,反应物为3-氨基-1H-1,2,4-三氮唑(HAtz)与七水合硫酸锌ZnSO4·7H2O,溶剂为体积比4:1DMF/H2O混合液,反应温度为150 ℃高温,得到产物[Zn4(Atz)4(CO3)2],其晶体结构如24所示。
23 反应式
24 CCDC 2297804结构
视频讲解请参阅:
DMFDEF会为晶体结构带来什么:https://www.bilibili.com/video/BV1KyfhYnE38
参考文献
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声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中可能存在疏漏错误,请不吝指正。


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