晶体学相关的python库有哪些

casjxm

晶体学相关的python库有哪些


freud:
https://freud.readthedocs.io/en/v0.6.4/index.html

搁浅

晶体结构处理与分析
crystals：提供数据结构和算法，以Pythonic的方式操作抽象晶体，可读取.cif和.pdb等晶体学文件，访问原子位置，提供散射工具，进行对称性确定和衍射峰索引。
PyXtal：专注于晶体结构生成和对称性分析，能够生成给定对称性和化学计量比的原子结构以及分子晶体，支持通过子群/超群对称性关系进行结构操作，还提供几何优化方法。
PyCifRW：用于读取和写入CIF（晶体学信息格式）文件，遵循国际晶体**合会的CIF 1.0/1.1和2.0规范。
衍射分析
Dans_Diffraction：可模拟各种晶体结构的衍射图案，处理空间群对称性操作，便于结构分析，还支持外部工具如FDMNES进行共振X射线衍射模拟。
Reciprocalspaceship：基于pandas构建，简化了晶体学数据集的分析，特别适用于处理反射数据，支持对反射数据集的操作以及空间群操作的应用。
PyEMAPS：专注于电子衍射和晶体学，能够使用动力学和运动学理论模拟电子衍射图案，适用于所有晶体系统的晶体学计算。
可视化与教学
PyCrystallography：用于教学和交互式可视化，可创建晶体学概念的2D和3D交互式可视化，还能模拟晶体学练习。

momo

一、结构解析
1、Pymatgen（Python Materials Genomics）
处理结构数据、计算材料性质，支持对接Materials Project数据库。
适用于晶体结构操作、对称性分析、生成超胞等。
2、ASE（Atomic Simulation Environment）
用于处理原子结构、转换文件格式（如CIF）、对接DFT计算软件（VASP、Quantum ESPRESSO等）。
适用于晶体结构操作、分子动力学模拟、第一性原理计算。
3、PyXtal（Python for Crystallography）
专门用于晶体结构生成、空间群分析、对称性操作。
适用于生成对称结构、晶体对称性分析。
二、数据分析与可视化
1、Matplotlib + Mayavi + PyVista
用于可视化晶体结构、电子密度、表面形貌等。
Matplotlib 适用于2D绘图，Mayavi 和 PyVista 适用于3D可视化。
2、OVITO-Python API（Open Visualization Tool）
主要用于可视化和分析分子动力学（MD）模拟的结构数据。
三、对称性和空间群判断
1、Spglib（Symmetry Library）
用于晶体结构的对称性分析、空间群确定、标准化结构等。
适用于晶体对称性分析、空间群识别。
2、SymPy + Crystallography
结合 SymPy 进行晶体群论、对称操作计算。
四、计算电子结构
1、Wannier90 + PyWannier90
用于计算Wannier轨道、能带结构、拓扑性质等。
2、abipy（A Python library for ABINIT）
主要用于处理ABINIT计算数据（DFT计算）。

casjxm

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casjxm

搁浅 发表于 2025-4-14 08:04
晶体结构处理与分析
crystals：提供数据结构和算法，以Pythonic的方式操作抽象晶体，可读取.cif和.pdb等晶 ...

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