CheckCIF报告新变化(CCDC重复检查)

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CheckCIF报告新变化(CCDC重复检查)

2025年8月27日，处理完客户的一个晶体数据，到CheckCIF[1]网站（https://checkcif.iucr.org/）下载其CheckCIF报告，发现多了一个选项（默认勾选No），即“Output CCDC's duplicate check”（输出CCDC重复检查），如图1所示。

▲图1 输出CCDC重复检查选项

勾选该选项后，CheckCIF报告中则多出一项重复检查（duplicate check）报告，列出了CCDC数据库中已有的与当前上传CIF[2]晶体数据晶胞参数（一定误差范围内）相同的晶体数据，如图2所示（此处以论文“Sci. China Chem. 2023, 66, 117–126. DOI[3]: 10.1007/s11426-022-1396-x.”中有机小分子结构3-(N-2,6-二异丙基苯基亚胺基)-1H-吲哚作为案例）。

▲图2 重复检查报告

“CSDRefcode”是一个超链接按钮，将鼠标光标悬停在“CSD Refcode”上，会显示其超链接网址，如图3所示。

▲图3 “CSD Refcode”超链接网址

点击该超链接按钮，则在浏览器中打开CCDC网页通往相关结构晶体数据，不过需要先输入验证码，如图4所示。

▲图4 验证码

输入验证码后，页面跳转至检索结果，如图5所示。

▲图5 重复验证报告涉及的CCDC数据库中的晶体数据

点开其中一个数据，例如第一个数据，结果如图6所示。

▲图6 案例结构重复检查报告所列第一个数据

此外，CheckCIF报告第一页顶部多了三个图标，如图7所示。

▲图7 CheckCIF报告第一页顶部的三个图标

而在2025年8月27日之前，CheckCIF报告第一页顶部是空白的，如图8所示。

▲图8 2025年8月27日之前CheckCIF报告第一页顶部

2025年8月27日之前CheckCIF报告警报之后的文本内容如图9所示。

▲图9 2025年8月27日之前CheckCIF报告警报之后的文本内容

2025年8月27日起CheckCIF报告警报之后的文本内容做了精简，如图10所示。

▲图10 2025年8月27日起CheckCIF报告警报之后的文本内容

CheckCIF报告警报之后的文本内容及其大意如下：

原文	大意
It is advisable to attempt to resolve as  many as possible of the alerts in all categories. Often the minor alerts  point to easily fixed oversights, errors and omissions in your CIF or  refinement strategy, so attention to these fine details can be worthwhile. In  order to resolve some of the more serious problems it may be necessary to  carry out additional measurements or structure refinements. However, the purpose  of your study may justify the reported deviations and the more serious of  these should normally be commented upon in the discussion or experimental  section of a paper or in the "special_details" fields of the CIF.  checkCIF was carefully designed to identify outliers and unusual parameters,  but every test has its limitations and alerts that are not important in a  particular case may appear. Conversely, the absence of alerts does not  guarantee there are no aspects of the results needing attention. It is up to  the individual to critically assess their own results and, if necessary, seek  expert advice.	建议尝试解决所有类别中尽可能多的警报。通常，次要警报指向CIF或精修策略中容易修复的疏忽、错误和遗漏，因此关注这些细节是值得的。为了解决一些更严重的问题，可能需要进行额外的测量或结构精修。然而，您的研究目的可能证明所报告的偏差是合理的，其中更严重的偏差通常应在论文的讨论或实验部分或CIF的“special_details”字段中进行评述。checkCIF经过精心设计，可以识别异常值和异常参数，但每个测试都有其局限性，在特定情况下可能会出现不重要的警报。相反，没有警报并不能保证结果中没有需要注意的方面。个人有责任批判性地评估自己的结果，并在必要时寻求专家建议。
Publication of your  CIF in IUCr journals	在IUCr期刊上发表您的CIF
A basic structural check has been run on  your CIF. These basic checks will be run on all CIFs submitted for  publication in IUCr journals (Acta Crystallographica, Journal of  Applied Crystallography, Journal of Synchrotron Radiation);  however, if you intend to submit to Acta Crystallographica Section C  or E or IUCrData, you should make sure that full publication  checks are run on the final version of your CIF prior to submission.	您的CIF已经进行了基本的结构检查。这些基本检查将对提交在IUCr期刊（《晶体学报》、《应用晶体学杂志》、《同步辐射杂志》）上发表的所有CIF进行；但是，如果您打算提交给《晶体学报C辑》或《晶体学报E辑》或IUCrData，您应该确保在提交之前对CIF的最终版本进行了全面的出版检查。
Publication of your  CIF in other journals	在其他期刊上发表您的CIF
Please refer to the Notes for Authors  of the relevant journal for any special instructions relating to CIF submission.	关于CIF提交的特别说明，请参阅相关期刊的《作者指南》。

视频讲解请参阅：

CheckCIF报告新变化(CCDC重复检查)：https://www.bilibili.com/video/BV12ZemzmEqu

参考文献

[1]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

[2]    (a)Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File(CIF): A New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

[3]    (a)International Organization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html

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