审稿意见-B级警报PLAT415(及C级警报PLAT414)的解决示例

DJ_Tokyo

案例来源：New J. Chem. 2021, 45, 16816–16821.

DOI：10.1039/d1nj02237g

CCDC：1949331

相关软件或概念：CIF[1]; Olex2[2](Version: Olex2-1.5); PLATON[3](Version: 261023); SHELXL[4](Version: SHELXL-2019/2)

审稿意见：

**exp_15991** (CCDC1949331)

This structure reportsspurious bonds:

Distance (K1-C2):3.465(7)

It also reports strangelylong O-H bond distances:

    Distance (O1W-H1WB): 1.0846

    Distance (O1W-H1WA): 1.0824

If these are adjusted forneutron distances, then *all* X-H distances should be adjusted, but they arenot.

大意如下：

该结构报告虚假的键：K1-C23.465(7) Å

还报告了奇怪的长O–H键键长：

O1W–H1WB1.0846 Å

O1W–H1WA1.0824 Å

如果这些是针对中子距离，则所有X–H距离均应调整，但它们不是。

注：审稿人提到的中子距离（neutrondistances）指的是中子衍射数据所得的距离。由于X射线衍射数据无法确定氢原子位置，所以X射线衍射数据中氢位置的确定一半采用理论加氢，而非傅里叶合成（即通过残余峰确定），而中子衍射数据可以确定氢原子的位置——中子衍射数据的X–H键键长比X射线衍射数据的X–H键键长更长（跟接近实际情况）。

对于第一个问题，如图1所示，是因为结构中K1和羧基中碳原子C2之间有一根键，所以其“键长”被写入CIF文件中，从而被审稿人提出。

▲图1 结构中虚假的K1–C2键

对于这个问题，只需要在精修中将该“键”从连通性表中删去即可，即使用SHELX指令FREE指令，在ins中添加指令“FREE K1 C2”即可将K1–C2键从连通性表中删除，该键也就不会写入CIF中了，在Olex2中可以选中K1和C2（或直接选择该键），然后输入delbond并回车，Olex2会在ins中添加指令“FREE K1 C2”，如图2所示，因为有对称等效原子C2i和C2ii，如图3所示，所以总共删除了三个K–C键，随后精修生成新的CIF即可。

▲图2 删除K–C键

▲图3 C2及其等效原子C2i和C2ii（对称码：i: 3/2-Y,1-Z,-1/2+X; ii: 1/2+Z,3/2-X,1-Y）

在Olex2中，可以采取另一种方法来解决这个问题，即使用CONN指令，从图3中K周围配位环境可知，该K为六配位，也就是形成6个键，因此可用CONN指令将K1的最大成键数限定为6，只需要选中K1，输入“CONN 6”并回车即可，如图4–5所示。

▲图4 选择原子和输入相应CONN指令

▲图5 写入ins文件并产生效果的CONN指令（CONN 6 K1）

第二个问题指的是K1上配位的水分子的O–H键键长过长的问题，如图6所示。

▲图6 水分子中过长的O–H键

由于过长的O–H键，导致水分子中氢原子和临近甲基上的氢之间的距离小于2.1 Å，如图7所示。

▲图7 距离小于2.1 Å的氢原子（对称码：i: 3/2-Y,1-Z,-1/2+X; ii:3/2-Z,1-X,-1/2+Y）

由于氢原子之间距离小于2.1 Å，所以引发了一个B级警报PLAT415（参见推文“CheckCIF-PLAT415”）和一个C级警报PLAT414（参见推文“CheckCIF-PLAT414”），如图8所示。

▲图8 氢原子之间距离小于2.1 Å引发的B级PLAT415和C级PLAT414警报

这种情况，只需要将原来的氢原子（H1WA和H1WB）删掉，然后重新进行加氢（理论加氢）即可，该水分子处于3次轴上，其氢原子处理可参考推文“特殊位置(3次轴)配位水加氢示例2”。

视频演示操作请参阅：https://www.bilibili.com/video/BV1X84y1D7Xd

参考文献

[1] (a) Hall, S. R.; Allen, F. H. Brown, I. D. TheCrystallographic Information File (CIF): a New Standard Archive File forCrystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Format forElectronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. (c) Hall, S. R.;Spadaccini, N. The STAR File: Detailed Specifications. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1994,34, 505–508.

[2]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[3] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

[4](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.