晶体数据审稿意见-原子编号以及无序处理

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晶体数据审稿意见-原子编号以及无序处理

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Structure refinement: SHELXL[2]

案例来源：Inorg. Chim. Acta. 2024, 571, 122240. DOI[3]:10.1016/j.ica.2024.122240. CCDC[4]:2353268.

审稿意见	大意
2. In Table S1, the  selected bond lengths and angles coordinating with the Mn2+ centers should be  listed, and other unimportant parameters should be deleted.    3. From the bond  lengths and angle parameters of Mn-MOF provided in Table S1, the sequence  number of all atoms are confused, the further refinement of the crystal and  atomic reordering is necessary.	2. 在表S1中，应列出与Mn2+中心配位的节选键长和键角，并删除其他不重要的参数。       3. 从表S1中提供的Mn-MOF的键长和键角参数来看，所有原子的序号均令人困惑，需要进一步精修晶体和原子重新排序

如图1所示，有关编号的问题，其实主要是该结构非对称单元ASU（asymmetry unit）中有两个Mn，但一个编号是Mn1，另一个编号则是Mn5，这其实没什么道理，因此在修改的数据中将Mn5改为了Mn2，另外就是DMSO的无序，原先有一个DMSO做了三组分无序处理，但三个组分的占有率均被固定为了相同的1/3——即0.33333。

▲图1 CCDC 2353268投稿时状态

如图2所示，从差值电子密度图来看，另外两个DMSO也需要做无序处理。

▲图2 差值电子密度图

基于以上分析，对数据进行了重新处理，三组分DMSO使用自由变量精修，发现占比约为0.401:0.243:0.357，而不是原来固定的0.33333:0.33333:0.33333，另外两个DMSO也做了二组分无序，R因子下降不少，如图3所示。

▲图3 CCDC 2353268发表时状态

视频操作演示请参阅：

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参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.    [3] (a) International Organization for Standardization  (2012). ISO 26324:2012. Information and  Documentation – Digital Object Identifier System.  http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) International  Organization for Standardization (2022). ISO 26324:2022. Information and Documentation – Digital Object Identifier System.  https://www.iso.org/standard/81599.html    [4] (a) Allen, F.  H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal  structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:  10.1107/S0108768102003890.  (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million  crystal structures and rising. Acta  Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:  10.1107/S2052520616003954.

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