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晶体测试案例71(副产物) 如图1所示（由ChemBioDraw[1]绘制），参照文献“Org. Lett. 2015, 17, 5994–5997. DOI[2]: 10.1021/acs.orglett.5b02940.”所诉方法，用(3-溴丙基)三苯基溴化磷（(3-bromopropyl)triphenylphosphonium bromide, CAS: 3607-17-8）和双(2-噻吩)酮[3]（bis(2-thienyl)ketone CAS: 704-38-1, CCDC[4] 1197474）在氩气（Ar, argon, CAS: 7440-37-1）氛围中氢化钠（NaH, Sodium hydride, CAS: 7646-69-7）作用下以四氢呋喃（THF, tetrahydrofuran, CAS: 109-99-9）作溶剂加热回流反应12小时，合成目标产物2,2'-(cyclopropylidenemethylene)dithiophene（CAS: 906100-68-3），经柱层析分离，得到一个油状物（目标产物）和一个固体，对该固体用石油醚（PE, petroleum ether, CAS: 8032-32-4）进行重结晶，经单晶X射线衍射（SC-XRD, single crystal X-ray diffraction）实验，结果发现是两分子目标产物在加热条件下发生Diels-Alder反应（[4+2]环加成）形成六元环，其中一个噻吩环去芳构化，接着再发生1,3-氢迁移，该噻吩环再芳构化的副产物4',7',7'-tri(thiophen-2-yl)-4',7'-dihydrodispiro[cyclopropane-1,5'-benzo[b]thiophene-6',1''-cyclopropane]（CCDC 2476125），由于该副产物的产生，导致目标产物产率大幅降低。
▲图1 目标产物合成及生成的副产物 如图2所示为副产物结晶情况，在五百毫升梨形瓶中结晶出无色晶簇。
▲图2 副产物结晶情况 从瓶中取部分样品置于载玻片上用二甲基硅油（PDMS, polydimethylsiloxane/Dimethicone, CAS: 9006-65-9）包裹覆盖，在显微镜下观察，如图3所示。
▲图3 显微镜下副产物晶体 其晶体尺寸经测量（参阅推文“布鲁克D8 VENTURE测量晶体尺寸操作步骤”或视频“APEX3 D8 Venture对心时晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1Cq4y1d7S5”“晶体尺寸的测量：https://www.bilibili.com/video/BV1hM4y1J71o”）为0.3417 × 0.4193 × 0.6727 mm3，如图4‒6所示（由APEX3[5]呈现），晶体尺寸无明显特征，可描述为块状（block）晶体，晶体参阅视频“晶体尺寸和晶癖描述需保持一致：https://www.bilibili.com/video/BV1yb421B72r”。
▲图4 晶体尺寸测量
▲图5 晶体尺寸测量
▲图6 晶体尺寸测量
▲图7 拍摄的晶体照片 测定晶胞可知其最大晶轴约38.17Å，探测器与晶体之间的距离程序给定为61.0 mm，分辨率程序给定为0.80 Å，计算的数据收集策略如图8所示，共6轮数据，其中前2轮为fastscan（第2轮fastscan添加了衰减），fastscan的曝光时间为1秒，其他4轮数据曝光时间为10秒，步长为0.30°，预计总时长为9小时18分钟。
▲图8 初始数据收集策略 为节省时间，做如下调整：删去两轮fastscan曝光时间改为6秒，步长改为2.00°，总时长缩短为50分钟，如图9所示。
▲图9 调整后的数据收集策略 其衍射图如图10所示（由APEX4[6]呈现）。
▲图10 衍射图 测完后，数据处理结果如图11所示（由Olex2[7]呈现）。
▲图11 最终数据结果 该数据存在一个B及警报PLAT340（参阅推文“CheckCIF-PLAT340”），如图12所示（由PLATON[8]呈现），不过这并不影响副产物结构的确定，该数据也不准备拿来写论文发表，因此也无需再重新测试。
▲图12 B及警报PLAT340 相关视频： 单晶结构解析练习644(数据还原-副产物)：https://www.bilibili.com/video/BV1Z2t5zsEin 数据下载： 提取码: 5u99 参考文献 [1] (a)Klein, F. M. CS ChemDraw Pro,1 Version 3.1 for Windows. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1995, 35, 166–167. DOI: 10.1021/ci00023a026. (b)Cousins, K. R. ChemDraw 6.0 Ultra CambridgeSoft Corporation, 100 Cambridge ParkDrive, Cambridge, MA 02140. http://www.camsoft.com. Commercial Price: $1395.Academic Price: $699. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10257–10258. DOI: 10.1021/ja0047572.(c) Buntrock, R. E. ChemOffice Ultra 7.0. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1505–1506. DOI: 10.1021/ci025575p. (d) Li, Z.; Wan, H.; Shi, Y.;Ouyang, P. Personal Experience with Four Kinds of Chemical Structure DrawingSoftware: Review on ChemDraw, ChemWindow, ISIS/Draw, and ChemSketch. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 1886–1890. DOI: 10.1021/ci049794h.(e) Mendelsohn, L. D. ChemDraw8 Ultra, Windows and Macintosh Versions. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 2225–2226. DOI: 10.1021/ci040123t. (f) Cousins, K. R. ChemDrawUltra 9.0. CambridgeSoft, 100 CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. See Web site for pricing options. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4115–4116. DOI:10.1021/ja0410237. (g) Zielesny, A. Chemistry Software PackageChemOffice Ultra 2005. J. Chem. Inf.Model. 2005, 45, 1474–1477. DOI:10.1021/ci050273j. (h) Mills, N. ChemDraw Ultra 10.0 CambridgeSoft, 100CambridgePark Drive, Cambridge, MA 02140. www.cambridgesoft.com. CommercialPrice: $1910 for download, $2150 for CD-ROM; Academic Price: $710 fordownload, $800 for CD-ROM. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13649–13650. DOI: 10.1021/ja0697875. (i) Kerwin, S. M.ChemBioOffice Ultra 2010 Suite. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 2466–2467. DOI: 10.1021/ja1005306. (j) Milne, G. W. A. SoftwareReview of ChemBioDraw 12.0. J. Chem. Inf.Model. 2010, 50, 2053. DOI:10.1021/ci100385n. (k) Narayanaswamy, V. K.; Rissdörfer, M.; Odhav, B.Review on CambridgeSoft ChemBioDraw Ultra 13.0v. Int. J. Theor. Appl. Sci. 2013, 5, 43–49. [2] Benassi,R.; Folli, U.; Iarossi, D.; Schenetti, L.; Taddei, F.; Musatti, A.; Nardelli,M. Conformational analysis of organic carbonyl compounds. Part 11.Conformational properties of difuryl, dithienyl, and furyl thienyl ketonesstudied by X-ray crystallography, n.m.r. lanthanide-induced shifts and ab-initioMO calculations. J. Chem. Soc. Perkin Trans. 2 1989, 1741–1751. DOI: 10.1039/p29890001741. [3] (a)International Organization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – DigitalObject Identifier System. http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System. https://www.iso.org/standard/81599.html[4] (a)Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million CrystalStructures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.; Bruno, I. J.; Lightfoot, M.P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.; Robertson, J. H.; Raithby,P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC). Comprehensive Coordination Chemistry III 2021, 413–437. DOI:10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2. [5] Bruker (2018). APEX3 (Version 2018.7-2). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA. [6] Bruker (2021). APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on AreaDetectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA. [7] Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726. [8] (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244. 声明：本文仅代表个人观点，笔者学识有限，资料整理过程中可能存在疏漏错误，请不吝指正。 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：晶体测试案例71(副产物).pdf
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