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[审稿意见] 晶体数据审稿意见-无序处理(残余峰)

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发表于 2025-7-30 07:09:33 | 查看全部 |阅读模式

  
晶体数据审稿意见-无序处理(残余峰)
  
文本所用软件/程序
GUI: Olex2[1]
  
Structure refinement: SHELXL[2]
  
Crystallographic tool: PLATON[3]
案例来源:Dalton Trans. 2024, 53, 5222–5229. DOI[4]: 10.1039/d3dt03409g.CCDC[5]: 2268504.
审稿意见
大意
There is 1 Structure in  this paper. We examined this file: 2268504
  
**t**(CCDC 2268504)
  
There are very large  residuals in this structure.
  
The perchlorate is  clearly disordered, and this disorder can and should be modelled.
  
R1 will reduce from  6.37% to 3.35% with a clean residual density plot.
  
In the MS, please  provide at least one structural drawing showing ADPs of each structure, From  these images, any disorder should be visible-and the nature of the actual  molecule must be easily discernible.
该论文中有一个结构。我们检查了这个文件:2268504
  
**t**(CCDC 2268504)
  
该结构中存在非常大的残余峰。
  
高氯酸根很明显是无序的,该无序能够也应当得到建模。
  
R1将从6.37%降至3.35%并得到一个干净的残余密度图。
  
在手稿中,每个结构请提供至少一个显示原子位移参数的结构图,从这些图像中,任何无序都应是可见的,实际的分子性质必须容易辨别。
审稿意见附图:
1 审稿人附图
关于原子位移参数绘图的审稿意见可参阅推文“不应出现的晶体数据审稿意见-绘制椭球图”或者视频“关于作图(椭球图)的审稿意见处理方案:https://www.bilibili.com/video/BV1Ba411K7xY”,此处不再赘述。
上述审稿意见主要要求处理结构中高氯酸根的无序,从审稿人提供的附图可明显看出高氯酸根的确需要做无序处理,绿色的差值电子密度峰表明无序的组分位置,氧原子椭球严重变形也表明确需无序处理。
该结构投稿时的状态如2所示。
2 CCDC 2268504投稿时状态
将高氯酸根进行无序处理后,氧原子椭球明显正常多了,差值电子密度图也更加干净,并且R因子降至2.87%,如3所示。
3 CCDC 2268504发表时状态
该结构中高氯酸根无序处理过程请参阅视频:
晶体数据审稿意见-无序处理(残余峰)https://www.bilibili.com/video/BV1Ww4m1k7Sj
如需上述论文PDF文档和已发表数据,请从以下链接下载:
1
链接:https://pan.quark.cn/s/78acd7f0c8b7
提取码:Zd7W
2
链接:https://pan.baidu.com/s/1mzAytszDbUKUUhAOfiJPEA
提取码:uhpo
参考文献
[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.
  
[2] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.
  
[3] (a)  Spek, A. L. Single-Crystal Structure Validation with the Program PLATON. J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112. (b) Spek, A. L. Structure Validation in  Chemical Crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. DOI: 10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure  Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:  10.1016/j.ica.2017.04.036. (d)  Spek, A. L. checkCIF Validation  ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.
  
[4] (a) International Organization for Standardization  (2012). ISO 26324:2012. Information and  Documentation – Digital Object Identifier System.  http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) International  Organization for Standardization (2022). ISO 26324:2022. Information and Documentation – Digital Object Identifier System.  https://www.iso.org/standard/81599.html
  
[5] (a) Allen, F.  H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal  structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:  10.1107/S0108768102003890.  (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million  crystal structures and rising. Acta  Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:  10.1107/S2052520616003954.
  
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中可能存在疏漏错误,请不吝指正。
  
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