晶体数据审稿意见-图表需标注对称操作码

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-图表需标注对称操作码

审稿意见：

表2、图1中原子有对称操作码，应该标明。

对于不对称单元ASU（asymmetry unit）中的分子单元小于1（即Z' < 1）的结构来说，完整分子单元需要对称操作才能到，对称操作得到的结构片段/原子所需的对称操作码需要在示意图的图注或表格的注脚中标出。堆积图同样如此。

例如Olex2[1]内置结构water[2]的ASU结构如图1所示，只有半个分子单元。

▲图1 water的ASU结构

其完整分子单元需要对称操作才能得到，具体操作就是在Olex2主界面左下角输入grow并回车，如图2所示。

▲图2 water的完整结构

从上图可以看出，对此操作得到的另一半结构和ASU结构片段中原子编号相同，如果不做区别的话，将会出现指代模糊不明的情况，例如图中N2、S2等有两个。在晶体结构中，为了区分，需要标明对称操作码。在Olex2中，将鼠标悬停在原子上，会出现一个信息框，显示原子的原子标签、占有率、Ueq和坐标等信息，如果原子是对称操作得到的等效原子，则在原子标签后会以括号的形式显示其对称操作码，如图3所示，右侧的N2的对称操作码是“2-X,1-Y,2-Z”，左侧的N2是ASU结构片段中的原子，因此没有对称操作码。

▲图3 鼠标悬停信息框

在使用Olex2绘制晶体结构示意图时，Olex2中Draw下方的Symmetrylabel右侧的下拉菜单中提供了几种表示对称操作码的形式，如图4所示。

▲图4 Olex2中的Symmetry label

默认选项none就是前面图中展示的那样，不显示对称操作码标识，其中$选项是在原子标签后面添加下划线和$符号，并用**数字区分不同的对称操作码，如图5所示。

▲图5 $选项原子标签（图注可以这样表示：Olex2 diagram of water, symmetry code: $1: 2-X,1-Y,2-Z.）

而#选项以**数字上标来标识对称操作码，如图6所示。

▲图6 #选项原子标签（图注可以这样表示：Olex2 diagram of water, symm. code: 1: 2-X,1-Y,2-Z.）

第三个选项X则以小写罗马数字上标来标识对称操作码，如图7所示。

▲图7 X选项原子标签（图注可以这样表示：Olex2 diagram of water, symm. code: i: 2-X,1-Y,2-Z.）

最后一个full选项则是直接在原子标签后面显示完整对称操作码，如图8所示，不过这种形式太占图中空间，很容易对结构图造成遮挡，因此不太建议这种形式。

▲图8 full选项原子标签

也可以自定义对称操作码标识符，在symmetrylabel中选择none选项，然后设置原子标签后，用鼠标双击原子标签，在弹出的对话框中输入标识符，如图9所示，比如可以用英文字母后缀来表示。

▲图9 英文字母后缀表示对称操作码

（图注可以这样表示：Olex2 diagram of water,symm. code: A: 2-X,1-Y,2-Z.）

可以用“\+”来对字符进行下标设置，而“\-”来对字符进行下标设置，如图10所示。

▲图10 上下标设置

绘制堆积图时，例如如图11所示两个分子的堆积图，上面左边半个结构是ASU结构片段，其三个“半个结构”都是通过ASU的半个结构对称操作所得，因此存在三个对称操作码。

▲图11 堆积图（图注可以这样表示：Olex2 packing diagram of water, symm. code: i: 2-X,1-Y,2-Z; ii: 2-X,1-Y,3-Z;iii: +X,+Y,1+Z.）

有了对称操作码标识符，在表格以及行文中就可以区分键长键角等几何参数，例如Mn1‒N2、Mn1‒N2i、Mn1iii‒N2ii和Mn1iii‒N2iii等四个键都可以在图11中找到具体而明确的对应。

本文中仅以Olex2作为绘图软件来进行说明，其实使用任何绘图软件来绘制晶体结构示意图，都需要标注对称操作码。

视频讲解请参阅：

晶体数据审稿意见-图表需标注对称操作码：https://www.bilibili.com/video/BV1QwsRe4EZs

参考文献

[1]    Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R.J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2:A Complete Structure Solution, Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst.2009, 42, 339–341. DOI:10.1107/S0021889808042726.

[2]    (a) Kamenar, B.; Jovanovski, G.Manganese(II) Saccharinate Hexahydrate, Mn(C7H4NO3S)2·6H2O,and Isomorphism with the Analogous Iron, Cobalt, Nickel, Zinc, and CadmiumComplexes. Cryst. Struct. Commun. 1982, 11, 257–261. (b) Cao, Y.-L.; Li, Q.-B.; Zhang, S.-S. Synthesis andCrystal Structure of Tetraaquabis(saccharinato-N) Manganese(II) DihdrateCompund [Mn(C7H4NO3S)2(H2O)4]·2H2O.Huaxue Shijie 2013, 54, 471–473. DOI:10.19500/j.cnki.0367-6358.2013.08.007.

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