晶体数据审稿意见-水分子氧椭球异常及残余峰(无序处理)

DJ_Tokyo

晶体数据审稿意见-水分子氧椭球异常及残余峰(无序处理)

案例来源：CCDC[1] 2218166, 2259290. J. Coord. Chem. 2024, 77, 310‒345. DOI[2]: 10.1080/00958972.2024.2311715.

审稿意见：

The ellipsoid of O7 in complex 4 appears to be unrealistic. Pleasecheck this in the model and give some explanation as to why its ellipsoidparameters are so much greater than the surrounding atoms. Is it possible it isnot a full occupancy water molecule of solvation? The same can be said for O13in complex 5.

There is significant residual unmodeledelectron density in complex 5 (~1.7e–/Å3). Is this due to the sphericaltreatment of Cd or is there unmodeled solvent?

大意：

配合物4中O7的椭球似乎不切实际。请在模型中检查这一点，并解释为何它的椭球参数比周围的原子大得多。有没有可能它不是全占据的溶剂化水分子？配合物5中的O13亦是如此。

配合物5中存在显著未建模残余电子密度（约1.7 e–/Å3）。这是由于镉的球形处理还是存在未建模的溶剂？

审稿人提到配合物4中O7和配合物5中O13椭球偏大，并提出它们可能并非全占据，这些都明显是让对这些原子做无序处理。而配合物5中残余峰也是做了无序处理降低了，见下文。

如图1所示（由Olex2[3]呈现）为配合物4的不对称单元ASU（asymmetric unit）结构，O7的椭球明显比结构中其他原子椭球大很多。

▲图1 配合物4（CCDC 2259290）ASU结构（投稿）

差值电子密度图表明该O7可能不是全占据——可能需要做无序处理，如图2所示。

▲图2 O7附近差值电子密度图

笔者曾帮忙对该O7做了三组分无序，结果如图3所示，差值电子密度图明显干净多了，残余峰和R因子均降下来了。

▲图3 水分子三组分无序处理结果

不过作者未予采纳，而是直接用Olex2的Solvent Mask[4]例程做了溶剂遮掩，结果如图4所示。

▲图4 配合物4（CCDC 2259290）ASU结构（发表）

对于配合物5，除了O13椭球较大外，主要就是残余峰的问题，如图5所示，最大残余峰Q1在含硝基配体的另一侧，明显是硝基的第二无序组分位置。

▲图5 配合物5（CCDC 2218166）ASU结构（投稿）

对该硝基做二组分无序处理，然后将O13直接遮掩掉，结果如图6所示，残余峰从1.8降到1.4。

▲图6 配合物5（CCDC 2218166）ASU结构（发表）

视频讲解请参阅：

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参考文献

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[2]    (a) InternationalOrganization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – Digital Object Identifier System.http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) McDonald J. D.;Levine-Clark, M. Encyclopedia of Libraryand Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization for Standardization(2022). ISO 26324:2022. Information andDocumentation – Digital Object Identifier System.https://www.iso.org/standard/81599.html

[3]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

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