数据名称问题导致Olex2无法进行溶剂遮掩

DJ_Tokyo

数据名称问题导致Olex2无法进行溶剂遮掩

如图1所示，在Olex2[1]中勾选Use Solvent Mask[2]执行溶剂中遮掩，随后主界面出现大段文字，并且进程被终止。

▲图1 进程被终止并出现大段提示

首先观察到第一行“** CANNOTOPEN FILE djtokyo.fab **”（无法打开文件djtokyo.fab），查看文件夹内容如图2所示，并没有“djtokyo.fab”文件，而是有“DJ Tokyo.fab”文件，两者名称不一样。

▲图2 文件

另外观察到“KeyError:'Unknown CIF data block name: "DJ Tokyo"'”（关键错误：未知CIF[3]数据块名称：DJ Tokyo），虽然用XPREP[4]产生ins和hkl文件时将名称定为“DJ Tokyo”，但SHELXL[5]精修生成CIF文件时，其数据名称除了将所有字母变为小写之外（参阅推文“晶体数据名称大小写问题”），还会自动删除所有空格，因此名称“DJ Tokyo”就变成了“djtokyo”，如图3所示。

▲图3 数据名称

所以遇到这种情况，将名称改为不带空格符合的名称即可，例如将空格删除，或者用下划线代替即可正常进行溶剂遮掩，如图4所示。

▲图4 正常溶剂遮掩结果

用olex2.refine进行精修也是类似情况，只不过olex2.refine生成的CIF中数据名称是区分大小写的，但同样会删除空格，因此也无法进行溶剂遮掩。

视频讲解和操作请参阅：

数据名称问题导致Olex2无法进行溶剂遮掩：https://www.bilibili.com/video/BV1rTRsY2E6z

参考文献

[1]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[2]    Spek, A. L.; vander Sluis, P. BYPASS: An EffectiveMethod for the Refinement of Crystal Structures Containing Disordered SolventRegions. Acta Cryst. 1990, A46, 194–201. DOI:10.1107/S0108767389011189.

[3]    (a) Hall, S. R.;Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): A NewStandard Archive File for Crystallography. ActaCryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

[4]    Bruker (2014). XPREP (Version 2014/2), Program for Space Group Determination.Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.

[5]    (a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement, University of Göttingen,Germany, 2019. (b)Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI:10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218.(d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.;Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical ScatteringFactors for SHELXL – Model,Implementation and Application. ActaCryst. 2019, A75, 50–62. DOI:10.1107/S2053273318013840.

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