无序示例-镜面上丁氧基特殊无序处理

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无序示例-镜面上丁氧基特殊无序处理

文本所用软件/程序

GUI: Olex2[1]    Structure refinement: SHELXL[2]

最近，西安某高校友友求助处理一个晶体数据，结构中丁氧基位于镜面上，椭球被拉长，并且检查呢也偏差较大，如图1所示。

▲图1 镜面上的丁氧基

可以使用Mercury[3]查看该镜面（参阅视频“Mercury基操-查看对称元素：https://www.bilibili.com/video/BV1U44y1U7ZF”），如图2所示。

▲图2 Mercury中查看对称元素

在Olex2中，使用Fit功能将这些原子从镜面上拉开，然后用PART -110.5对其进行处理（分组为PLAT -1，占有率设为0.5），添加一个SIMU限制，精修后如图3所示，原子椭球不再拉长，键长也较为合理。

▲图3 无序处理结果

grow后两个组分呈镜面对称，如图4所示。

▲图4 两个无序组分

参考文献

[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [2] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.    [3] Macrae, C. F.,  Edgington, P. R., McCabe, P., Pidcock, E., Shields, G. P., Taylor, R.,  Towler, M. & van de Streek, J. J.  Appl. Cryst. 2006, 39, 453–457. DOI: 10.1107/S002188980600731X.

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