Olex2中使用ShelXT指定空间群解析结构

DJ_Tokyo

Olex2中使用ShelXT指定空间群解析结构

ShelXT读取标准的SHELX格式的.ins和.hkl文件，并提取晶胞，劳厄群(但不是空间群)以及期望存在的元素(但不需要每种原子的数目)。以双空间群算法来解决扩展到P1空间群的单晶衍射数据的相位问题。对指定劳厄群中的所有空间群进行测试，以找出与P1相位一致的空间群。[1]

由上述内容可知，ShelXT在不加任何限制条件的情况下，会尝试指定劳厄群中的所有空间群，并输出解析结果，一般情况下，这并没有什么问题，但有时遇到难以解析的数据，这会非常耗时。并且有的时候我们确实希望在某个指定的具体空间群下进行解析，这时通常会选择ShelXS进行解析，这通常是因为不清楚如何在ShelXT下进行空间群的指定，使其在指定空间群下进行解析，这也是困扰小编的一个问题，不过最近在小编B站上，有小伙伴解答了这个问题，因此在此分享给大家。

其实第一次见到强制ShelXT在某个空间群下解析，是在YouTube上的一个视频中见到的，该视频由小编给配上中英文双语字幕后发在小编的B站上了，感兴趣的小伙伴可以查看：

该视频中，是在Mac上用指令解析的方式进行的，视频中数据的文件名为'wcorr'，当想要强制ShelXT在P21/c空间群下进行解析时，视频(时间12:02)中给出的命令为：

shelxtwcorr -s*P2(1)_c*

前面的shelxt为解析结构的程序ShelXT，wcorr为数据的文件名，后面加-s表示强制限定空间群的意思，而限定的空间群以*开头，*结尾，空间群中的下标用括号括起来，/则用下划线_表示，其中shelxt和文件名wcorr之间有一个空格，文件名wcorr与-s之间有一个空格，-s*P2(1)_c*这一串字符中没有任何空格。

上述方法，使用Windows中命令提示符进行解析，应该是可以使用的。

下面来讲一下在Olex2[2]中如何指定空间群以强制ShelXT在所指定空间群下进行结构解析，此处以Olex2自带示例数据Sucrose为例，在Olex2中打开Sucrose这个数据，在Work下的Solve展开栏中Program这一项选择ShelXT，并点击Solve，如下图所示：

解析结果如下图所示：

ShelXT解析后，给出空间群为P21的结果，如上图红色方框所示。

当在Solve展开栏中点击Suggest SG (建议的空间群，SG为spacegroup的缩写)时，

程序给出了两种可能的空间群，非中心对称空间群P21和中心对称空间群P21/m，如下图所示：

当然，我们知道这个结构的正确的空间群为P21，此处为演示如何强制ShelXT在指定空间群下进行结构解析，我们选定P21/m空间群，具体操作如下：

在Solve展开栏中，点击Solution Settings Extra使其展开，如下图所示：

在Options这一栏中输入指定空间群的限制，其格式为"文件名+空格+-s+空间群"(如sucrose-sP2(1)_m)，此例中，查看数据所在文件夹，可知数据文件名为sucrose，如下图所示：

则在Options这一栏中需要输入的内容为'sucrose-sP2(1)_m'，如下图所示：

然后点击Solve按钮进行解析，这时我们可以看到，解析结果为P21/m空间群，如下图所示：

由上图可知，经过上述操作，得以实现在Olex2中强制ShelXT在指定空间群下进行结构解析。

视频操作如下：

Olex2中强制ShelXT在指定空间群下解析结构：https://www.bilibili.com/video/BV1L5411c73m

参考文献：

[1]Sheldrick, G. M. SHELXT – Integratedspace-group and crystal-structure determination. Acta Cryst. 2015, A71, 3-8.

[2]Dolomanov, O.V.; Bourhis, L.J.; Gildea, R.J.; Howard, J.A.K.; Puschmann, H., OLEX2: A complete structure solution, refinementand analysis program. J. Appl. Cryst.2009, 42, 339-341.

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