无法解决的B级警报PLAT430

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); PLATON[2] (Version: 241123); SHELXL[3] (Version: SHELXL-2019/3)

最近处理一个数据，有一个B级警报PLAT430（参阅推文“CheckCIF-PLAT430”），如图1所示。

▲图1 数据概况及PLAT430警报

这是因为结构中O11和O27之间的距离（2.84 Å）小于2.9 Å，当能够形成氢键的原子之间的距离小于2.9 Å时就会引发PLAT430，因为程序认为它们之间应当存在氢键。但对于本案例来说，检查结构发现所涉及的两个原子如图2所示，是不对称单元中两个分子的酯羰基氧原子之间的距离（2.842 Å）小于2.9 Å从而引发了上述B级警报PLAT430。

▲图2 所涉及原子所在结构单元

经检查，此处结构绝无问题，两个羟基的氢也无法朝向对应的羰基（即O30–H30无法朝向O11，O15–H15无法朝向O27），因为这四个氧原子处于同一平面，如果O30–H30朝向O11，则C19–O30–H30的角度接近160°，这显然不合理。而整个结构已经电荷平衡，因此羰基也不会质子化。排除一切可能后，只能将其归结为晶体结构中分子的致密堆积造成的，对PLAT430做解释即可，如图3所示。

▲图3 验证报告

一个类似的示例参阅视频：

CheckCIF-无法消除的PLAT430警报1：https://www.bilibili.com/video/BV1vu4y147bx

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2] (a) Spek, A. L. Single-crystal structure validationwith the program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. (b) Spek,A. L. Structure validation in chemical crystallography. Acta Cryst. 2009, D65, 148–155. (c) Spek, A. L. What makes a crystal structure reportvalid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. (d) Spek, A. L. checkCIFvalidation ALERTS: what they mean and how to respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11.

[3](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/2, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

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