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名词解释-Alert 如图1所示为某个晶体数据的checkCIF/PLATON[1]验证报告。 ▲图1 某晶体数据的验证报告 The following ALERTS were generated. EachALERT has the format test-name_ALERT_alert-type_alert-level. Click on the hyperlinks for more details ofthe test. 此段中频次最高的单词“alert”，很多人将其称之为“错误”，故而你可能经常听到诸如“A类错误”“B类错误”“A级错误”之类的说法，然而笔者英语水平有限，无论如何也未学到或查到“alert”有“错误”这一含义，作为名词，某词典给出“警报”“警示”“警戒”“警惕”“提示信号”“警戒期”等含义，如图2所示。 ▲图2 某词典alert含义 实际上checkCIF/PLATON服务系统对上传的CIF[2]文件会根据系统设定的标准进行一系列测试（test），然后给出报告（report），罗列一系列Alert，并且在报告开头有如图3所示大写的一段文字（本报告仅供参考。如果用作出版审查程序的一部分，它不应该取代经验丰富的晶体学裁判的专业知识。）。 ▲图3 报告开头的提示 综上，在checkCIF/PLATON报告中，“alert”一般译为“警报”“警示”等，所以不同等级的警报可称之为“A级警报”“B级警报”“C级警报”和“G级警报”。 需要注意的是，alert提示可能存在某种问题，但并不意味着这种问题就是错误，正如报告开头的那段话“本报告仅供参考。如果用作出版审查程序的一部分，它不应该取代经验丰富的晶体学裁判的专业知识。”所述。 实际上，很多alert提示的问题，只要具备基本的化学知识，就可以判断，但是很多人即便具备这样的化学知识，也并没有尊重事实，实事求是的精神，而是存在“有A和/或B级警报就是无法发表的”这样一刀切的根深蒂固的执念，实际上只是自己断章取义或接受以讹传讹的观点（参阅推文“晶体领域中的断章取义”）。 实际上出现某个alert，只是因为结构中某些特征不符合checkCIF/PLATON测试的标准（注：该标准也会与时俱进，而非一成不变，所以很多以前的数据可能存在某些AB级警报，但是用最新的checkCIF/PLATON进行检查反而没有当初的那些AB级警报，或者警报等级降低了）而已，所以遇到所谓的AB级警报的时候，不要盲目地采取强制措施去消除，而是要秉持着尊重事实，实事求是的精神，具体问题具体分析，很可能这样的alert提示会让你发现重要的结构特征或性质，正如鲁迅先生说的“其实地上本没有路，走的人多了，也便成了路。”，checkCIF/PLATON测试标准也是人为确定的，这些标准也并不是一开始就准确而全面，很多都是随着大量新结构被合成报道出来，慢慢地反向促使checkCIF/PLATON测试标准朝着更加全面的方向改进。 一个简单的例子，如图4所示（由ChemBioDraw[3]绘制）为论文“Inorg.Chem. 2020,59, 14152‒14161. DOI[4]:10.1021/acs.inorgchem.0c01902.”中的一个金属氢化物结构（CCDC[5] 1943685），当初该结构的验证报告提示B级警报PLAT305（参阅推文“CheckCIF-PLAT305”），因为金属氢化物中氢原子距离金属较远，按当时的checkCIF/PLATON测试标准，认为该氢属于超出成键范围的孤立原子，因此触发了PLAT305警报，当时在CIF中对其做了解释，如图5所示，因此那一段时期绝大多数金属氢化物的晶体结构均存在该警报，而现在（2025年2月6日）将其CIF上传至checkCIF/PLATON进行测试，则无AB级警报，也完全不存在PLAT305警报，很显然，随着时间的推移，checkCIF/PLATON测试标准发生了变化。 ▲图4 CCDC 1943685结构 ▲图5 CCDC 1943685中对PLAT305的解释 然而，能够秉持尊重事实，实事求是精神的老师都不多，更遑论无法做主的学生了，笔者遇到的也是寥寥无几，但遇到的话，那沟通起来就很顺畅了，如图6‒7所示。 ▲图6 能够尊重事实，实事求是的求助者 ▲图7 能够尊重事实，实事求是的求助者 以下是笔者经手过的一些无法消除的AB级警报，感兴趣的小伙伴可以看看，并用自己的化学知识进行判断。 视频讲解请参阅： 名词解释-Alert：https://www.bilibili.com/video/BV1WvNEe8E22 参考文献 [1] (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. 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发表于 2025-6-17 06:56:39
