无序示例-甲基乙基哌啶阳离子二重无序

DJ_Tokyo

相关软件或概念：Olex2[1] (Version: Olex2-1.5); SHELXL[2] (Version: SHELXL-2019/3)

最近，某高校老师求助处理一个晶体数据，其中含有N-甲基-N-乙基哌啶阳离子，初始建模的模型如图1所示。

▲图1 N-甲基-N-乙基哌啶阳离子模型，左：椭球图；右：球棍图

由于无序严重导致，椭球变形严重，且骨架散架，因此使用一些键长键角限制指令（如SADI指令、DFIX指令和DANG指令等）将其基本骨架固定住，如图2所示。

▲图2 限制指令固定骨架的N-甲基-N-乙基哌啶阳离子模型

该哌啶阳离子周围残余峰如图3所示。

▲图3 N-甲基-N-乙基哌啶阳离子模型周围残余峰

根据这些残余峰的位置，可设计其无序方案如图4所示。

▲图4 无序方案

按照无序方案实施无序处理，用SAME指令限制两个组分的几何结构，用SIMU指令限制两个组分的原子各向异性位移参数，结果如图5–6所示。

▲图5 无序处理和限制指令

▲图6 N-甲基-N-乙基哌啶阳离子最终无序模型

参考文献

[1]Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann,H. OLEX2: A complete structure solution,refinement and analysis program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341.

[2](a) Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,University of Göttingen, Germany, 2019. (b) Sheldrick, G. M. A short history ofSHELX. Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. (c) Sheldrick, G. M.Crystal structure refinement with SHELXL.Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. (d)Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle, C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.;Dittrich, B. Aspherical scattering factors for SHELXL – model, implementation and application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62.

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