Olex2中建立原子到环中心键

DJ_Tokyo

Olex2中建立原子到环中心键

在之前的推文《Diamond中建立原子到环中心键》和《Ortep中建立原子到环中心键》中讲述了Diamond和Ortep两款晶体学作图软件中如何建立原子(通常为金属)到环中心键，Olex2作为一款集精修与作图等多种功能一体的软件，自然也能实现这个功能，并且当前越来越多的文献采用Olex2作为作图软件。

那么要使用Olex2来建立原子到环中心键，非常简单，只需要使用“PiM”(或“pim”)指令即可，关于该指令的描述，读者可以上网搜索《Olex2-Getting Started》或《Olex2 Manual (Commands)》查看，这两本手册中对于该指令的描述如下：

                              

例如下图所示结构，吲哚环全碳六元芳环以η6的模式与金属配位，该六元芳环与金属之间的配位方式以六个M-C键表示，如下图红色方框所示，在指令区输入指令“PiM”(或“pim”)后敲回车，即可将该π配位以金属到该六元芳环质心的一根虚线键所表示，如下图黄色方框所示：

当然，将鼠标放在该虚线键上，可以显示金属到该六元芳环质心的距离：

上述操作完成后即可输出图片，或者读者也可以根据自己需要进行其他加工(如调整角度、对原子显示编号等)后再输出图片。

使用“fuse”指令可以回到六根M-C键相连状态：

然后再将虚线键删除即可回到原始状态。

除此之外，还有另一种方法，就是在芳环质心建立一个假原子，如下图上面流程所示，然后再在该假原子与金属之间建立一根新的键(新键的建立也可以在选择两个原子后，将鼠标放在其中一个原子上后单击鼠标右键，在弹出的对话框中Bonds展开项中选择Create bond来建立)，如下图下面流程所示：

选中假原子，然后将鼠标放在该选中的假原子上单击鼠标右键，在弹出的对话框中Graphics展开项中点击Hide将该假原子隐藏，然后将金属与芳香环之间的M-C键全部删除即可：

不过这种方法做出来的键是实线的。

将鼠标放在该键上同样可以显示金属与该芳香环质心的距离：

顺便提一下shelxle中如何查看金属到芳环中心距离，首先是在芳环质心建立假原子，方法是：按住Ctrl不放，用鼠标左键依次点击的方式选择芳环所有原子，然后在工具栏点击“Create centroid”按钮(该按钮在选择完原子后才会出现，如下图中间红色方框所示)，即可在芳环质心建立假原子：

依次点击该假原子和金属原子，即可在界面右边的Information Window中看到该假原子与金属之间的距离信息：

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