辐射光源信息缺失导致无法CheckCIF

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辐射光源信息缺失导致无法CheckCIF

最近，有小伙伴进行在线CheckCIF[1]时，页面一直停留在如图1所示界面，无法给出验证报告。

▲图1 停留页面

对方把CIF[2]文件发了过来，笔者用Olex2[3]打开查看，如图2所示，其波长为0.59322 Å。

▲图2 数据情况

用PLATON[4]进行脱机结构验证，结果如图3所示，注意到有一个A警报PLAT660（参阅推文“CheckCIF-PLAT608-660”），该警报意思是辐射光源信息缺失或无法识别。

▲图3 PLATON验证报告

打开其CIF文件，找到记录辐射光源信息的条目“_diffrn_radiation_type”（参阅推文“CIF核磁词典-DIFFRN_RADIATION”），发现该信息是问号——即缺失辐射光源信息，如图4所示。

▲图4 “_diffrn_radiation_type”条目

于是给填了同步辐射“synchrotron”，如图5所示。

▲图5 添加辐射光源信息

再次进行checkCIF，可以正常进行，如图6所示。

▲图6 在线checkCIF结果

视频讲解请参阅：

辐射光源信息缺失导致无法CheckCIF：https://www.bilibili.com/video/BV1c3XAYmEjW

参考文献

[1]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

[2]    (a) Hall, S. R.;Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): A NewStandard Archive File for Crystallography. ActaCryst. 1991, A47, 655–685. DOI:10.1107/S010876739101067X. (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Formatfor Electronic Data Transfer and Archiving. J.Chem. Inf. Comput. Sci. 1991, 31, 326–333. DOI:10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The STAR File:Detailed Specifications. J. Chem. Inf.Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:10.1021/ci00019a005.

[3]    Dolomanov, O. V.;Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.

[4]    (a) Spek, A. L. Single-CrystalStructure Validation with the Program PLATON.J. Appl. Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112.(b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI:10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes a Crystal Structure Report Valid? Inorg. Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.

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