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[单晶结构] 无序示例-磺酸根二组分取向无序

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发表于 2025-6-11 07:49:17 | 查看全部 |阅读模式

  
无序示例-磺酸根二组分取向无序
  
文本所用软件/程序
GUI: Olex2[1]
  
Structure refinement: SHELXL[2]
最近,比利时某高校友友求助处理一个晶体数据,如1所示。
1 问题诉求
所涉及的配体部分如2所示。
2 配体
Olex2打开该数据,将磺酸根三个原子置于屏幕平面,苯环平面垂直于屏幕平面,其差值电子密度图如3所示,S上为负差值电子密度,而在其左侧下方有一个明显的残余峰,右侧则有明显的两个残余峰。
3 磺酸根附近残余峰
根据上述信息,设计无序方案如4所示,磺酸根的三个氧,两个氧在苯环一侧,第三氧个在苯环另一侧,反过来则是另一个无序组分。
4 无序方案
按照无序方案实施无序处理,随后用SAME指令(参阅推文“SHELXL指令之SAME”)、和SIMU指令(参阅推文“SHELXL指令之SIMU”)分别对两个无序组分的几何结构和原子各向异性位移参数进行限制,结果如5所示,Max Peak1.2降为0.6R因子也降低很多。
5 无序处理结果
参考文献
[1] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.
  
[2] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.
  
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中可能存在疏漏错误,请不吝指正。
  
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