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[单晶结构] 晶体结构解析案例71(残余峰-孪晶)

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发表于 3 天前 | 查看全部 |阅读模式
晶体结构解析案例71(残余峰-孪晶)
案例来源:CCDC[1] 2298900. Talanta 2024, 280, 126726. DOI[2]: 10.1016/j.talanta.2024.126726.
1所示(由Olex2[3]呈现),最大残余峰Q1Max Peak = 2.8)处于距离羧基氧O1原子1.703Å处,不论Q1是金属还是游离水,这个距离都太短了,结构中其他部分均已建模完成,包括无序建模,另外不存在电荷平衡问题,而且注意到R因子很高——R1 = 17.94%wR2 = 52.23%
1 奇怪的残余峰
运行PLATON[4]中的TwinRotMat例程发现有两个孪晶法则,其中第一个是整数,第二个则是小数,将第一个孪晶法则写入ins文件,如2所示。
2 将孪晶法则写入ins文件
第一个孪晶法则写入ins后精修,Max Peak立即降为0.5R因子也立即降低——R1 = 3.23%wR2 = 7.17%,羧基O1附近没有奇怪的残余峰了,如3所示。
3 第一个孪晶法则精修结果
第二个孪晶法则有效果,但不多,如4所示。
4 第二个孪晶法则精修结果
最终精修结果如5所示,Max Peak = 0.3R1 = 2.91%wR2 = 5.73%
5 最终处理结果
视频操作演示请参阅:
单晶结构解析练习279(文献案例-孪晶-无序)https://www.bilibili.com/video/BV1zRDRYHELV
如需数据进行练习,请从以下链接下载:
提取码: bb9w
参考文献
[1]    (a) Allen, F. H. The Cambridge StructuralDatabase: A Quarter of a Million Crystal Structures and Rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI: 10.1107/S0108768102003890. (b) Groom, C. R.;Bruno, I. J.; Lightfoot, M. P.; Ward, S. C. The Cambridge Structural Database. Acta Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI: 10.1107/S2052520616003954. (c) Mitchell, J.;Robertson, J. H.; Raithby, P. R. Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC).Comprehensive Coordination Chemistry III2021, 413–437. DOI: 10.1016/B978-0-12-409547-2.14829-2.
[2]    (a) InternationalOrganization for Standardization (2012). ISO 26324:2012. Information and Documentation – Digital Object Identifier System. http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506.(b) McDonald J. D.; Levine-Clark, M. Encyclopediaof Library and Information Sciences. Fourth Edition, CRC Press, 2017. DOI: 10.1081/e-elis4. (c) Liu, J. Digital ObjectIdentifier (DOI) and DOI Services: An Overview. Libri 2021, 71, 349‒360. DOI:10.1515/libri-2020-0018. (d) International Organization forStandardization (2022). ISO 26324:2022. Informationand Documentation – Digital Object Identifier System. https://www.iso.org/standard/81599.html
[3]    Dolomanov, O. V.; Bourhis, L. J.;Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution, Refinement and Analysis Program.J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI:10.1107/S0021889808042726.
[4]    (a) Spek, A. L. Single-Crystal Structure Validationwith the Program PLATON. J. Appl.Cryst. 2003, 36, 7–13. DOI: 10.1107/S0021889802022112. (b) Spek, A. L. StructureValidation in Chemical Crystallography. ActaCryst. 2009, D65, 148–155. DOI: 10.1107/S090744490804362X. (c) Spek, A. L. What Makes aCrystal Structure Report Valid? Inorg.Chim. Acta 2018, 470, 232–237. DOI:10.1016/j.ica.2017.04.036. (d) Spek, A. L. checkCIFValidation ALERTS: What They Mean and How to Respond. Acta Cryst. 2020, E76, 1–11. DOI: 10.1107/S2056989019016244.
声明:本文仅代表个人观点,笔者学识有限,资料整理过程中可能存在疏漏错误,请不吝指正。
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