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Olex2中的点线面 在往期推文《距离计算-非成键原子间距离计算》《距离计算-原子到某键中心的距离》《距离计算-原子到某环中心的距离》《距离计算-原子到某平面的距离》《Olex2中建立原子到环中心键》《芳环中心(质心)间距查看》中介绍了诸多距离计算或查看，为了得到标准偏差，通常需要进行精修，不过在Olex2中无需进行精修也可得到各个距离及其标准偏差，本文将对此进行一个总结介绍，希望对大家有所帮助。 点到点间距(任意原子间距离) 对Olex2稍微了解的用户应该知道，要查看结构中任意两个原子之间的距离，可以用鼠标左键依次点击选中这两个原子，然后将鼠标放在其中一个原子上，那么程序会显示这两个原子之间的距离，如下图蓝色方框所示；或者选中这两个原子后，在指令输入区输入指令“sel”(select)后按下键盘Enter键即可得到所选两个原子之间的距离，如下图红色方框所示；不过上述方法是无法得到这个距离的标准偏差(standard uncertainty)的，在《距离计算-非成键原子间距离计算》中介绍了指令“RTAB”的用法，不过那需要进行精修，然后去.lst文件中查找，但是精修就需要hkl文件，文献中许多晶体数据是只能下载到cif文件的，不过在Olex2中要得到这个偏差非常简单，只需要选中两个原子后，在指令输入区输入指令“esd”(estimatedstandard deviation)后按下键盘Enter键即可得到所选两个原子之间的距离及其偏差，如下图黄色方框所示： 通过指令“text”或者如下图所示红色方框按钮可以打开output.txt记事本看到刚才的“sel”和“esd”指令结果： 上述结果与指令“RTAB”精修得到的结果有所不同，这是因为经过精修后，数据有变化所导致。 若此时再在olex2中使用“sel”和“esd”来查看这个距离，其结果如下，这时esd得到一个更加精确的数值。 出现上述数据变动是因为每一次精修，都会更新数据，因此在文章投稿时，申请CCDC号时，一定要以最终cif的信息为准。 点到线段中心距离(原子到键中心距离) 在Olex2中使用指令“cent”可以产生centroid(质心)，用法同样是选择任意两个原子后，在指令输入区键入指令“cent”后按下键盘Enter键即可得到质心， 随后选择某原子与该质心，键入指令“sel”或“esd”即可查看该原子与该质心之间的距离，也就是该原子与该键中心的距离： 使用《距离计算-原子到某键中心的距离》中介绍的“RTAB D2CG”指令精修得到的结果如下图所示： 通过选中这两个原子后，单击鼠标右键在弹出的菜单栏中Bonds展开栏中点击Create bond可以建立所选两个原子之间的键，或者选中这两个原子后键入指令“line”后可以在这两个原子之间产生一根线，如下图所示： 随后将不要的键删除，效果如下图所示： 点到环中心及平面距离 同样，首先建立质心，使用指令“cent”，过程如下图所示： 其查看方式与前述相同： 建立平面，使用“mpln”指令，过程如下图所示： 选择原子及平面，并将鼠标放在该原子或该平面上，即可显示相关信息，或者用指令“sel”或“esd”得到相关信息： 用这个方法可以得到某原子到某环中心的距离以及某原子到该环最小二乘平面的距离。 使用指令“line”可以在原子与环质心产生一条线及其距离： 二面角 二面角的查看同样可以使用指令“sel”或“esd”，当然，这得到的不仅仅是二面角，还有质心间距，质心滑移距离等： π-π相互作用 为方便区分，改变两个平面的颜色，操作如下，将鼠标放在该平面上(或选中后)点击鼠标右键，在弹出的菜单栏中Graphics展开栏中点击Draw Style，在弹出的对话框中Primitive中选择Plane，然后将正面(Ambient Front)和反面(Ambient Back)颜色更改，双击红色箭头所指色块，在弹出的颜色对话框中选择要设置的颜色，然后确定并OK即可： 如要更改质心的颜色，那么在Primitive中选择Centroid，然后更改颜色即可。 随后在指令输入区键入指令“pipi -g”后点击键盘上Enter键，程序会将相关π-π相互作用的部分生长出来，并且给出相关信息，如果要查看带有偏差的数据，选择两个平面后使用指令“esd”即可： 使用指令“line”可以在两平面质心之间添加线条及其距离： 将鼠标放在这根线上并点击鼠标右键，在弹出的菜单中点击Radius: 0.8 (0.8为当前线条半径)，在弹出的对话框中更改线条粗细，将鼠标放在数字上并双击鼠标左键，在弹出的对话框中可以更改质心距离： 如需PDF文档，请从以下链接下载： 通过网盘分享的文件：Olex2中的点线面.pdf
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