晶体数据审稿意见-晶胞参数小数位数

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晶体数据审稿意见-晶胞参数小数位数

文本所用软件/程序

Data process and reduce: APEX4[1]    GUI: Olex2[2]    Structure refinement: SHELXL[3]

最近，有小伙伴遇到如下有关晶胞参数小数位数的审稿意见。

审稿意见	大意
All the cell parameters  with more than three decimal places should be rewritten in three decimal  places with proper esd. Volume should be written in one decimal place.	所有小数点后三位以上的晶胞参数都应使用适当的估计标准偏差偏差重写为三位小数。晶胞体积应重写为一位小数。

以论文“Sci. China Chem. 2023, 66, 117‒126. DOI[4]: 10.1007/s11426-022-1396-x.”中两个数据S1（CCDC[5] 2152655）和S2（CCDC 2152656）为例。

在用APEX4中，精修晶胞参数时，如图1所示，晶胞参数小数位数为三位小数。

▲图1 CCDC 2152655晶胞参数精修

如果数据比较差，则可能只有2位小数，如图2所示。

▲图2 某较差数据晶胞参数精修

完整数据还原，解析后，p4p文件中记录的晶胞参数通常是四位小数，而SHELXL精修产生的CIF[6]中晶胞参数小数位数则可能是三位，也可能是四位，如图3所示。

▲图3 p4p和CIF中晶胞参数：左-CCDC 2152655；右-CCDC 2152656

至于说如何设置使得产生的CIF中晶胞参数保留特定位数小数，笔者暂不清楚。

不过，对于开头的审稿意见，笔者猜测，审稿人可能指的是数据整理到论文正文或支持信息中的时候，按照相关规则（参阅推文“表格中的有效数字”）对晶胞参数小数位数进行舍入使其保留三位小数，而不是修改晶体数据。

视频讲解请参阅：

晶体数据审稿意见-晶胞参数小数位数：https://www.bilibili.com/video/BV1tb421E72v

缩写	英文全称	中文名称
esd	estimated standard deviation	估计标准偏差

参考文献

[1] Bruker (2021).  APEX4 (Version 2021.4-1). Program for Data Collection on Area  Detectors. Bruker AXS Inc., Madison, Wisconsin, USA.    [2] Dolomanov, O.  V.; Bourhis, L. J.; Gildea, R. J.; Howard, J. A. K.; Puschmann, H. OLEX2: A Complete Structure Solution,  Refinement and Analysis Program. J. Appl. Cryst. 2009, 42, 339–341. DOI: 10.1107/S0021889808042726.    [3] (a)  Sheldrick, G. M. SHELXL-2019/3, Program for Crystal Structure Refinement,  University of Göttingen, Germany, 2019. (b)  Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX.  Acta Cryst. 2008, A64, 112–122. DOI: 10.1107/S0108767307043930. (c) Sheldrick, G. M. Crystal Structure  Refinement with SHELXL. Acta Cryst. 2015, C71, 3–8. DOI: 10.1107/S2053229614024218. (d) Lübben, J.; Wandtke, C. M.; Hübschle,  C. B.; Ruf, M.; Sheldrick, G. M.; Dittrich, B. Aspherical scattering factors  for SHELXL – model, implementation and  application. Acta Cryst. 2019, A75, 50–62. DOI:  10.1107/S2053273318013840.    [4] (a) International Organization for Standardization  (2012). ISO 26324:2012. Information and  Documentation – Digital Object Identifier System.  http://www.iso.org/iso/catalogue_detail.htm?csnumber=43506. (b) International  Organization for Standardization (2022). ISO 26324:2022. Information and Documentation – Digital Object Identifier System.  https://www.iso.org/standard/81599.html    [5] (a) Allen, F.  H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal  structures and rising. Acta Cryst. 2002, B58, 380–388. DOI:  10.1107/S0108768102003890.  (b) Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: a quarter of a million  crystal structures and rising. Acta  Cryst. 2016, B72, 171–179. DOI:  10.1107/S2052520616003954.    [6] (a) Hall, S.  R.; Allen, F. H. Brown, I. D. The Crystallographic Information File (CIF): a  New Standard Archive File for Crystallography. Acta Cryst. 1991, A47, 655–685. DOI:  10.1107/S010876739101067X.  (b) Hall, S. R. The STAR File: A New Format for Electronic Data Transfer and  Archiving. J. Chem. Inf. Comput. Sci.  1991, 31, 326–333. DOI: 10.1021/ci00002a020. (c) Hall, S. R.; Spadaccini, N. The  STAR File: Detailed Specifications. J.  Chem. Inf. Comput. Sci. 1994, 34, 505–508. DOI:  10.1021/ci00019a005.

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